More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4232 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4232  extra-cytoplasmic solute receptor  100 
 
 
314 aa  630  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.125597  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  75.08 
 
 
349 aa  488  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  72.52 
 
 
333 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3987  hypothetical protein  70.49 
 
 
334 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.700334  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3986  hypothetical protein  68.2 
 
 
339 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.323954  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  59.8 
 
 
337 aa  393  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  60.46 
 
 
326 aa  387  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  55.27 
 
 
322 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4146  extra-cytoplasmic solute receptor  51.3 
 
 
339 aa  330  3e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00162583  normal  0.322023 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  51.16 
 
 
331 aa  324  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2904  hypothetical protein  48.36 
 
 
332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.339964  normal  0.0116375 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1733  hypothetical protein  52.94 
 
 
330 aa  315  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1930  hypothetical protein  52.61 
 
 
330 aa  311  7.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4354  hypothetical protein  48.26 
 
 
327 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110423  normal  0.165755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5000  hypothetical protein  51.64 
 
 
325 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.420695  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3526  hypothetical protein  51 
 
 
371 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3152  hypothetical protein  49.49 
 
 
333 aa  305  6e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.35228  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4430  hypothetical protein  48.5 
 
 
328 aa  305  8.000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.840915  normal  0.593251 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  47.37 
 
 
330 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0576  hypothetical protein  49.01 
 
 
333 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  46.82 
 
 
330 aa  299  3e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  46.44 
 
 
325 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  46.64 
 
 
339 aa  285  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2965  hypothetical protein  48.66 
 
 
353 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.139568  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  46.03 
 
 
328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  45.33 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  45.33 
 
 
328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  44.98 
 
 
325 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  46.01 
 
 
331 aa  279  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  46.03 
 
 
330 aa  279  4e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  46.03 
 
 
330 aa  279  4e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  47.12 
 
 
349 aa  279  6e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  44.97 
 
 
339 aa  277  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0645  hypothetical protein  47.99 
 
 
331 aa  276  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.97784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  46.08 
 
 
322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2068  hypothetical protein  46.96 
 
 
342 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.233928  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  45.05 
 
 
344 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  45.95 
 
 
325 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  44.3 
 
 
326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  44.44 
 
 
326 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  43 
 
 
325 aa  273  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  45.67 
 
 
325 aa  272  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3830  hypothetical protein  43 
 
 
330 aa  272  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.956859  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  45.61 
 
 
339 aa  271  7e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  44.16 
 
 
333 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2485  hypothetical protein  43.4 
 
 
346 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644524  normal  0.0188147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  45.64 
 
 
322 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4279  hypothetical protein  44 
 
 
356 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.877893  normal  0.56539 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  43.77 
 
 
333 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4611  hypothetical protein  44.41 
 
 
332 aa  270  2e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214044  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  43.55 
 
 
328 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0478  hypothetical protein  43.19 
 
 
325 aa  269  5e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.606939  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  43.55 
 
 
336 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  43.23 
 
 
333 aa  268  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  43.32 
 
 
328 aa  268  8.999999999999999e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5741  hypothetical protein  43.85 
 
 
339 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  44.59 
 
 
333 aa  267  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5370  extra-cytoplasmic solute receptor  44.59 
 
 
322 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.114035  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5105  hypothetical protein  42.39 
 
 
329 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  44.92 
 
 
325 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  44.08 
 
 
335 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  43.63 
 
 
328 aa  266  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  44.85 
 
 
327 aa  266  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5849  hypothetical protein  47.49 
 
 
330 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3508  hypothetical protein  44.12 
 
 
320 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1508  hypothetical protein  43.96 
 
 
322 aa  266  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  43.09 
 
 
335 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1334  hypothetical protein  42.86 
 
 
325 aa  265  5e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000781341 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  42.72 
 
 
325 aa  265  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  44.08 
 
 
324 aa  265  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  43.33 
 
 
327 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  43.32 
 
 
345 aa  263  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2040  hypothetical protein  42.95 
 
 
332 aa  263  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0456371 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  43.32 
 
 
345 aa  263  3e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  42.76 
 
 
327 aa  263  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3975  hypothetical protein  42.05 
 
 
336 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2596  hypothetical protein  44.26 
 
 
327 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.523201  normal  0.428813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  43.93 
 
 
358 aa  262  6e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1233  hypothetical protein  43.14 
 
 
326 aa  261  8.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.305229  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6145  hypothetical protein  44.82 
 
 
332 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  44.48 
 
 
330 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  44.48 
 
 
331 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4458  hypothetical protein  42.95 
 
 
332 aa  261  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.60746  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  44.26 
 
 
335 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  41.72 
 
 
331 aa  261  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  41.72 
 
 
331 aa  260  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  42.95 
 
 
314 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  44.15 
 
 
328 aa  260  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  45.64 
 
 
323 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  45.3 
 
 
330 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4073  extra-cytoplasmic solute receptor  43.81 
 
 
332 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000509768  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  42.35 
 
 
335 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0585  hypothetical protein  44.59 
 
 
341 aa  259  6e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.156752  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  41.75 
 
 
339 aa  258  7e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  44.48 
 
 
353 aa  258  7e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  41.21 
 
 
323 aa  258  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3250  hypothetical protein  42.14 
 
 
330 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.268792 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  43.99 
 
 
330 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3558  hypothetical protein  42.95 
 
 
327 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2997  hypothetical protein  42.62 
 
 
343 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0266851  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>