More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3983 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  100 
 
 
328 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  85.95 
 
 
324 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1316  hypothetical protein  56.38 
 
 
334 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.293847  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  56.04 
 
 
330 aa  344  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  56.04 
 
 
330 aa  344  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  53.09 
 
 
335 aa  333  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  54.25 
 
 
328 aa  332  6e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  49.08 
 
 
331 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  53.69 
 
 
339 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  51.7 
 
 
328 aa  325  5e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  48.62 
 
 
327 aa  325  5e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  51.7 
 
 
328 aa  325  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  48.31 
 
 
328 aa  325  7e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  52.35 
 
 
339 aa  324  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  52.31 
 
 
328 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3671  extra-cytoplasmic solute receptor  54.15 
 
 
334 aa  323  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  50.3 
 
 
336 aa  319  3e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1635  hypothetical protein  48 
 
 
333 aa  319  3e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.345549  normal  0.902401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3145  hypothetical protein  51.83 
 
 
333 aa  317  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.261814  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2991  hypothetical protein  53.09 
 
 
333 aa  316  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.36978  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  50.76 
 
 
358 aa  314  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  50.93 
 
 
326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1906  hypothetical protein  53.4 
 
 
325 aa  312  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.375062  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  48.61 
 
 
328 aa  311  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1815  hypothetical protein  51.33 
 
 
325 aa  310  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00540737  normal  0.0160042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5565  hypothetical protein  52.81 
 
 
335 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517724  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  49.34 
 
 
330 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2095  hypothetical protein  50.83 
 
 
324 aa  308  9e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  50.15 
 
 
336 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  49.09 
 
 
330 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  50.84 
 
 
327 aa  306  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  48.67 
 
 
325 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0161  hypothetical protein  48.94 
 
 
330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  48.33 
 
 
331 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0143  hypothetical protein  48.94 
 
 
330 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  49.33 
 
 
325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  49.33 
 
 
327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0779  hypothetical protein  50.49 
 
 
360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3966  hypothetical protein  47.32 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0682449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  53.85 
 
 
323 aa  303  3.0000000000000004e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0489  hypothetical protein  46.59 
 
 
344 aa  303  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  50.82 
 
 
345 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  50.82 
 
 
345 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  48.98 
 
 
325 aa  301  9e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  46.69 
 
 
335 aa  301  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  47.3 
 
 
318 aa  301  1e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0200  hypothetical protein  50.51 
 
 
349 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4214  hypothetical protein  50.34 
 
 
324 aa  299  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  47.91 
 
 
314 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4213  extra-cytoplasmic solute receptor  47.2 
 
 
326 aa  299  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  45.2 
 
 
331 aa  298  8e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  45.2 
 
 
331 aa  298  9e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5035  hypothetical protein  49.51 
 
 
339 aa  297  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  45.57 
 
 
325 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4645  extra-cytoplasmic solute receptor  47.66 
 
 
348 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176289  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0363  hypothetical protein  48.49 
 
 
322 aa  296  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1885  hypothetical protein  47.84 
 
 
323 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  48.76 
 
 
322 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4876  extra-cytoplasmic solute receptor  50.84 
 
 
328 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.748926  normal  0.754985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  45.09 
 
 
322 aa  295  5e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4280  hypothetical protein  46.73 
 
 
333 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711918  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4229  twin-arginine translocation pathway signal  46.06 
 
 
335 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.467764  normal  0.364318 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6278  hypothetical protein  49.83 
 
 
322 aa  292  4e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000130922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  47.83 
 
 
304 aa  292  5e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1840  hypothetical protein  49.17 
 
 
326 aa  292  5e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0526902  normal  0.401977 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1197  hypothetical protein  46.93 
 
 
324 aa  292  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7860  hypothetical protein  44.95 
 
 
324 aa  292  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  46.48 
 
 
327 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  49.01 
 
 
325 aa  291  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  45.83 
 
 
337 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4389  hypothetical protein  48.67 
 
 
321 aa  290  3e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4501  extra-cytoplasmic solute receptor  44.95 
 
 
327 aa  289  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.034407  normal  0.0507087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  47.08 
 
 
335 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0145  hypothetical protein  49.32 
 
 
325 aa  288  8e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0127  hypothetical protein  49.32 
 
 
325 aa  288  8e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4972  hypothetical protein  48.16 
 
 
328 aa  288  8e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345918  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3798  hypothetical protein  46.91 
 
 
326 aa  288  8e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.226331  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  45.87 
 
 
339 aa  287  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4970  hypothetical protein  47.65 
 
 
321 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5849  hypothetical protein  51 
 
 
330 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1691  hypothetical protein  49.5 
 
 
331 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2293  hypothetical protein  46.65 
 
 
320 aa  287  2e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000010806  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  47.17 
 
 
333 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5709  hypothetical protein  49.83 
 
 
327 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.21123  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4047  extra-cytoplasmic solute receptor  44.58 
 
 
329 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364236  normal  0.64466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1868  hypothetical protein  48.04 
 
 
330 aa  284  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0795  hypothetical protein  44.68 
 
 
346 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0855  hypothetical protein  47.19 
 
 
353 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898803 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  48.17 
 
 
353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0784  hypothetical protein  46.86 
 
 
328 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1018  twin-arginine translocation pathway signal  47.4 
 
 
328 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  45.97 
 
 
335 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2597  hypothetical protein  47.08 
 
 
331 aa  281  9e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0909173  normal  0.221055 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1161  hypothetical protein  45.97 
 
 
323 aa  281  9e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334484  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4334  twin-arginine translocation pathway signal  45.39 
 
 
335 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  47.52 
 
 
310 aa  280  3e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6217  hypothetical protein  46.82 
 
 
322 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0641942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4526  twin-arginine translocation pathway signal  45.08 
 
 
337 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  45.7 
 
 
349 aa  279  4e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1253  hypothetical protein  45.28 
 
 
324 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>