More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0919 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
285 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.3 
 
 
285 aa  584  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.23 
 
 
285 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.84 
 
 
285 aa  462  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  464  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.19 
 
 
285 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.14 
 
 
285 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.82 
 
 
286 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.74 
 
 
285 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  77.54 
 
 
285 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.89 
 
 
286 aa  450  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.33 
 
 
285 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.18 
 
 
311 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.11 
 
 
286 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.38 
 
 
286 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.33 
 
 
286 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.98 
 
 
286 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.88 
 
 
285 aa  423  1e-117  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  69.12 
 
 
288 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.77 
 
 
288 aa  411  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.14 
 
 
288 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.306467  normal  0.765133 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.26 
 
 
285 aa  391  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.16 
 
 
285 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.85 
 
 
292 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.97 
 
 
288 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.25 
 
 
286 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.03 
 
 
298 aa  365  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.93 
 
 
300 aa  365  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.04 
 
 
280 aa  359  4e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  62.41 
 
 
286 aa  358  8e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.22 
 
 
285 aa  355  6.999999999999999e-97  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.638488  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.7 
 
 
285 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.798039  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.3 
 
 
285 aa  348  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.612253  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.3 
 
 
285 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
285 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170147  normal  0.262214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.29 
 
 
290 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.56 
 
 
297 aa  330  2e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.59 
 
 
291 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
290 aa  328  8e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.94 
 
 
290 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.58 
 
 
293 aa  325  6e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.43 
 
 
298 aa  324  8.000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
295 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5938  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  81.62 
 
 
206 aa  321  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.89 
 
 
295 aa  319  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.71 
 
 
295 aa  318  9e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
292 aa  316  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.86 
 
 
293 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.88 
 
 
297 aa  309  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.34 
 
 
308 aa  305  8.000000000000001e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.27 
 
 
285 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.93 
 
 
288 aa  300  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0460  short chain dehydrogenase  50.71 
 
 
291 aa  298  6e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
333 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.53 
 
 
334 aa  295  5e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.19 
 
 
335 aa  295  6e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.21 
 
 
333 aa  295  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  53.33 
 
 
297 aa  294  1e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.5 
 
 
285 aa  291  6e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.96 
 
 
284 aa  291  6e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.35 
 
 
288 aa  290  2e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.54 
 
 
304 aa  290  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.59 
 
 
292 aa  289  4e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.53 
 
 
340 aa  289  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
335 aa  288  8e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36870  putative short-chain dehydrogenase  51.07 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1207  short chain dehydrogenase  51.08 
 
 
337 aa  283  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.09 
 
 
287 aa  281  7.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 
298 aa  281  8.000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1817  short chain dehydrogenase  51.26 
 
 
337 aa  280  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  51.41 
 
 
328 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.06 
 
 
299 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
328 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
337 aa  279  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  50 
 
 
298 aa  278  5e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
287 aa  278  6e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.3 
 
 
285 aa  278  6e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.957314  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
285 aa  278  8e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5297  short chain dehydrogenase  48.57 
 
 
317 aa  278  9e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.460339 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
284 aa  278  9e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163262  normal  0.97721 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  49.12 
 
 
294 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.65 
 
 
339 aa  277  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.55 
 
 
286 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.984934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  49.12 
 
 
294 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  49.12 
 
 
294 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  49.12 
 
 
294 aa  277  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  50.18 
 
 
286 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
284 aa  277  2e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.757824  normal  0.126466 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.46 
 
 
309 aa  276  3e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  49.12 
 
 
294 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
284 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
335 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.01 
 
 
335 aa  276  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 
286 aa  276  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  48.41 
 
 
294 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  48.41 
 
 
294 aa  275  8e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  48.76 
 
 
294 aa  275  8e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  48.41 
 
 
294 aa  275  8e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  48.41 
 
 
294 aa  275  8e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>