109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00888 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00888  multidrug ABC transporter transmembrane protein  100 
 
 		 399 aa  785    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0243138  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2316  putative drug transport transmembrane protein  84.97 
 
 		 399 aa  629  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.729418 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7862  major facilitator superfamily MFS_1  63.66 
 
 		 410 aa  462  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1531  major facilitator transporter  63.56 
 
 		 419 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1374  major facilitator superfamily transporter  61.5 
 
 		 409 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2773  major facilitator transporter  61.75 
 
 		 409 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975386  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4387  major facilitator transporter  53.46 
 
 		 406 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.310839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4679  major facilitator transporter  53.46 
 
 		 413 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5288  major facilitator superfamily MFS_1  51.33 
 
 		 415 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.120613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0700  major facilitator superfamily permease  52.66 
 
 		 409 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0089  major facilitator transporter  51.88 
 
 		 406 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2369  major facilitator transporter  43.62 
 
 		 408 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00076702  hitchhiker  0.0000240113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1780  major facilitator superfamily MFS_1  41.62 
 
 		 409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.0668238 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4451  major facilitator transporter  42.32 
 
 		 398 aa  282  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4568  major facilitator transporter  42.7 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1537  major facilitator superfamily MFS_1  42.97 
 
 		 401 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2322  major facilitator superfamily transporter  43.23 
 
 		 425 aa  271  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.798593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1963  major facilitator transporter  40.56 
 
 		 409 aa  264  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0135158  normal  0.496646 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1244  major facilitator transporter  41.54 
 
 		 408 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.176909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1140  major facilitator transporter  39.78 
 
 		 405 aa  256  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1156  major facilitator superfamily MFS_1  39.58 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0686413  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1384  major facilitator transporter  38.79 
 
 		 406 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00122539  normal  0.869525 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2726  major facilitator superfamily multidrug transporter  38.79 
 
 		 406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00306435  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2075  major facilitator transporter  38.9 
 
 		 406 aa  245  8e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15968  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1621  MFS permease  39.74 
 
 		 408 aa  245  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1694  major facilitator superfamiy transporter  36.57 
 
 		 408 aa  241  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal  0.0436902 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0823  major facilitator transporter  38.44 
 
 		 408 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.735993  normal  0.261534 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1675  major facilitator transporter  38.86 
 
 		 405 aa  229  7e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.816846  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1945  major facilitator superfamily MFS_1  39.89 
 
 		 393 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.932651  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2518  major facilitator superfamily MFS_1  39.07 
 
 		 397 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.203947  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1156  major facilitator transporter  36.59 
 
 		 409 aa  225  8e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0229771 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4770  major facilitator superfamily transporter  40.26 
 
 		 399 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.432764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0933  major facilitator superfamily transporter  38.34 
 
 		 426 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0186  major facilitator transporter  39.53 
 
 		 423 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729906  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000497  hypothetical protein  35.11 
 
 		 390 aa  216  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5280  major facilitator superfamily MFS_1  39.79 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06259  hypothetical protein  34.7 
 
 		 375 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2733  MFS permease  36.78 
 
 		 420 aa  206  4e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0921  major facilitator transporter  35.03 
 
 		 395 aa  205  9e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181611  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2320  major facilitator transporter  36.91 
 
 		 393 aa  200  3e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1700  hypothetical protein  31.83 
 
 		 422 aa  200  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1097  major facilitator transporter  34.7 
 
 		 396 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.15308  normal  0.619836 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0685  hypothetical protein  36.29 
 
 		 417 aa  196  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2320  major facilitator superfamily MFS_1  36.39 
 
 		 397 aa  196  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.915714  normal  0.0732282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5978  major facilitator superfamily MFS_1  32.98 
 
 		 397 aa  195  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1025  major facilitator transporter  35.09 
 
 		 398 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221515 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0792  major facilitator transporter  35.44 
 
 		 419 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.101988 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3481  drug transport transmembrane protein  34.03 
 
 		 393 aa  188  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00472777  normal  0.0481041 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0953  major facilitator transporter  34.6 
 
 		 412 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1069  major facilitator transporter  37.78 
 
 		 402 aa  182  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.763435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1035  major facilitator transporter  34.07 
 
 		 418 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3466  major facilitator transporter  34.86 
 
 		 402 aa  178  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2950  major facilitator superfamily MFS_1  34.59 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4866  major facilitator transporter  34.46 
 
 		 416 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.627153 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2007  major facilitator superfamily transporter  31.89 
 
 		 398 aa  150  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4322  hypothetical protein  28.29 
 
 		 406 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4774  hypothetical protein  29.09 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40620  putative MFS transporter  31.39 
 
 		 389 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4301  major facilitator transporter  29.65 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.108196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4169  major facilitator superfamily MFS_1  29.48 
 
 		 390 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00845942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1151  major facilitator transporter  29.35 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146461  normal  0.639239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1112  major facilitator superfamily MFS_1  29.35 
 
 		 403 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0112028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3444  MFS family transporter  31.94 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1499  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 		 394 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49343  predicted protein  27.83 
 
 		 465 aa  100  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1787  major facilitator superfamily MFS_1  28.03 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5926  major facilitator superfamily transporter  29.09 
 
 		 432 aa  94  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1521  major facilitator superfamily MFS_1  28.61 
 
 		 433 aa  88.6  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.542357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1948  putative multidrug resistance protein  27.52 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.138123  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2250  major facilitator superfamily MFS_1  28.29 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0910349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1580  major facilitator superfamily MFS_1  26.39 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1913  major facilitator superfamily protein  28.52 
 
 		 409 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1687  major facilitator transporter  28.86 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3510  putative multidrug resistance protein  28.19 
 
 		 424 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1832  putative multidrug resistance protein  28.19 
 
 		 424 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1869  putative multidrug resistance protein  27.85 
 
 		 421 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.94346e-22 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1671  tetracycline resistance protein  28.19 
 
 		 421 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.113591  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2171  major facilitator superfamily MFS_1  27.48 
 
 		 427 aa  73.2  0.000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00215555  hitchhiker  0.00378482 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1647  multidrug ABC transporter permease  27.18 
 
 		 421 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1731  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.288133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4185  major facilitator superfamily MFS_1  28.19 
 
 		 420 aa  67  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.236137  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1914  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.29836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3779  major facilitator transporter  26.72 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6677  hypothetical protein  27.7 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0501  major facilitator superfamily MFS_1  30.08 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0602709  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14300  Major Facilitator Superfamily transporter  30.39 
 
 		 436 aa  57  0.0000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000199719  normal  0.135833 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1416  major facilitator superfamily MFS_1  28.62 
 
 		 402 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3922  major facilitator superfamily MFS_1  28.83 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2887  major facilitator superfamily MFS_1  26.24 
 
 		 423 aa  53.9  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.208438  normal  0.24495 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3126  major facilitator superfamily protein  29.29 
 
 		 426 aa  51.6  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000813228 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2339  major facilitator transporter  27.95 
 
 		 421 aa  50.8  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2992  MFS transporter  25.4 
 
 		 401 aa  50.8  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0467  major facilitator transporter  28.71 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.629615  normal  0.343035 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0563  major facilitator superfamily MFS_1  27.94 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.55774  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1690  metabolite transport protein, C-terminus  28.42 
 
 		 314 aa  47.8  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0503244  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1479  bicyclomycin/multidrug efflux system  25.81 
 
 		 370 aa  47  0.0006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  23.77 
 
 		 396 aa  47  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  23.77 
 
 		 396 aa  47  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1542  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.682888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4077  multidrug efflux system protein MdtL  29.44 
 
 		 391 aa  46.2  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>