93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1499 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1499  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
394 aa  787    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4169  major facilitator superfamily MFS_1  46.69 
 
 
390 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00845942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0921  major facilitator transporter  29.13 
 
 
395 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.181611  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2518  major facilitator superfamily MFS_1  31.91 
 
 
397 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.203947  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2733  MFS permease  30.66 
 
 
420 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5288  major facilitator superfamily MFS_1  29.23 
 
 
415 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.120613  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4387  major facilitator transporter  30.19 
 
 
406 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.310839  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5978  major facilitator superfamily MFS_1  31.73 
 
 
397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7862  major facilitator superfamily MFS_1  30.7 
 
 
410 aa  167  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2320  major facilitator superfamily MFS_1  29.94 
 
 
397 aa  167  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.915714  normal  0.0732282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1097  major facilitator transporter  28.57 
 
 
396 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.15308  normal  0.619836 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1694  major facilitator superfamiy transporter  30.08 
 
 
408 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal  0.0436902 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2773  major facilitator transporter  30.42 
 
 
409 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.975386  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3481  drug transport transmembrane protein  30.17 
 
 
393 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00472777  normal  0.0481041 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4679  major facilitator transporter  30.05 
 
 
413 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.206752  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1025  major facilitator transporter  27.79 
 
 
398 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0221515 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06259  hypothetical protein  31.18 
 
 
375 aa  160  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2320  major facilitator transporter  29.82 
 
 
393 aa  160  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1156  major facilitator transporter  29.55 
 
 
409 aa  159  9e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0229771 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1700  hypothetical protein  28.5 
 
 
422 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.953118  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1945  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 
393 aa  158  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.932651  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1531  major facilitator transporter  28.49 
 
 
419 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0700  major facilitator superfamily permease  29.03 
 
 
409 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1675  major facilitator transporter  30.11 
 
 
405 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.816846  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000497  hypothetical protein  29.38 
 
 
390 aa  153  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1384  major facilitator transporter  30 
 
 
406 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00122539  normal  0.869525 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2726  major facilitator superfamily multidrug transporter  29.74 
 
 
406 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00306435  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0186  major facilitator transporter  30.48 
 
 
423 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.729906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0792  major facilitator transporter  30.41 
 
 
419 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.101988 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0953  major facilitator transporter  29.18 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2075  major facilitator transporter  30.45 
 
 
406 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15968  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1780  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 
409 aa  146  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.378935  normal  0.0668238 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1963  major facilitator transporter  29.02 
 
 
409 aa  142  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0135158  normal  0.496646 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4568  major facilitator transporter  27.4 
 
 
401 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368636  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1374  major facilitator superfamily transporter  29.25 
 
 
409 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4451  major facilitator transporter  27.32 
 
 
398 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4770  major facilitator superfamily transporter  27.49 
 
 
399 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.432764  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2322  major facilitator superfamily transporter  26.75 
 
 
425 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.798593  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1035  major facilitator transporter  29.12 
 
 
418 aa  136  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1140  major facilitator transporter  28.94 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1537  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 
401 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1069  major facilitator transporter  29.33 
 
 
402 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.763435  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2950  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 
418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0685  hypothetical protein  28.85 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0089  major facilitator transporter  27.67 
 
 
406 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0933  major facilitator superfamily transporter  29.06 
 
 
426 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3466  major facilitator transporter  28.26 
 
 
402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1244  major facilitator transporter  27.3 
 
 
408 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.176909  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5280  major facilitator superfamily MFS_1  27.33 
 
 
392 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2369  major facilitator transporter  27.11 
 
 
408 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00076702  hitchhiker  0.0000240113 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1621  MFS permease  26.01 
 
 
408 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0823  major facilitator transporter  26.68 
 
 
408 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.735993  normal  0.261534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1156  major facilitator superfamily MFS_1  24.81 
 
 
393 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0686413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4866  major facilitator transporter  30.03 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.627153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4322  hypothetical protein  24.46 
 
 
406 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4774  hypothetical protein  26.05 
 
 
392 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4301  major facilitator transporter  25.7 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.108196  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00888  multidrug ABC transporter transmembrane protein  24.5 
 
 
399 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0243138  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2316  putative drug transport transmembrane protein  25.4 
 
 
399 aa  110  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.729418 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1787  major facilitator superfamily MFS_1  25.5 
 
 
420 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.406772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1112  major facilitator superfamily MFS_1  25.7 
 
 
403 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0112028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1151  major facilitator transporter  24.65 
 
 
403 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146461  normal  0.639239 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2007  major facilitator superfamily transporter  26.34 
 
 
398 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40620  putative MFS transporter  28.01 
 
 
389 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3978  hypothetical protein  67.65 
 
 
205 aa  89.7  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0673836  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49343  predicted protein  25.71 
 
 
465 aa  85.1  0.000000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1948  putative multidrug resistance protein  27.5 
 
 
424 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.138123  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1687  major facilitator transporter  26.98 
 
 
422 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1521  major facilitator superfamily MFS_1  21.82 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.542357  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3444  MFS family transporter  24.49 
 
 
389 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1580  major facilitator superfamily MFS_1  22.38 
 
 
444 aa  74.3  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1671  tetracycline resistance protein  26.9 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.113591  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1869  putative multidrug resistance protein  26.58 
 
 
421 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.94346e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1913  major facilitator superfamily protein  25.95 
 
 
409 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3510  putative multidrug resistance protein  25.55 
 
 
424 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1647  multidrug ABC transporter permease  25.32 
 
 
421 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1832  putative multidrug resistance protein  24.84 
 
 
424 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5926  major facilitator superfamily transporter  23.79 
 
 
432 aa  68.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3922  major facilitator superfamily MFS_1  21.43 
 
 
422 aa  67  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3126  major facilitator superfamily protein  21.76 
 
 
426 aa  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000813228 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3779  major facilitator transporter  22.59 
 
 
435 aa  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0501  major facilitator superfamily MFS_1  23.46 
 
 
427 aa  64.7  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0602709  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0467  major facilitator transporter  26.89 
 
 
374 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.629615  normal  0.343035 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2339  major facilitator transporter  23.96 
 
 
421 aa  63.5  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4185  major facilitator superfamily MFS_1  21.88 
 
 
420 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.236137  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0563  major facilitator superfamily MFS_1  22.62 
 
 
426 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.55774  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6677  hypothetical protein  19.61 
 
 
428 aa  57.4  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1690  metabolite transport protein, C-terminus  26.64 
 
 
314 aa  55.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0503244  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14300  Major Facilitator Superfamily transporter  22.59 
 
 
436 aa  53.5  0.000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000199719  normal  0.135833 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2250  major facilitator superfamily MFS_1  20.77 
 
 
420 aa  53.1  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0910349 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1914  major facilitator superfamily MFS_1  22.84 
 
 
433 aa  52.4  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.29836  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1416  major facilitator superfamily MFS_1  23.85 
 
 
402 aa  47.4  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2887  major facilitator superfamily MFS_1  22.37 
 
 
423 aa  43.5  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.208438  normal  0.24495 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>