More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4376 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4376  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  92.68 
 
 		 246 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4667  two component transcriptional regulator  96.76 
 
 		 247 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  89.84 
 
 		 246 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  85.77 
 
 		 246 aa  419  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0710  two component transcriptional regulator  84.62 
 
 		 248 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2069  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.12 
 
 		 291 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.501994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2116  response regulator receiver  67.21 
 
 		 244 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2393  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.21 
 
 		 244 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  65.56 
 
 		 253 aa  308  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.42 
 
 		 246 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  65.15 
 
 		 240 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 		 255 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  47.28 
 
 		 238 aa  210  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  47.92 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 248 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  45.19 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  44.49 
 
 		 246 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  44.08 
 
 		 246 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  44.08 
 
 		 246 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  44.08 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  44.96 
 
 		 242 aa  205  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  40.5 
 
 		 245 aa  204  8e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  44.08 
 
 		 246 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 246 aa  202  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 240 aa  202  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  40.08 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 246 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 246 aa  199  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 246 aa  198  5e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  42.8 
 
 		 246 aa  198  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.45 
 
 		 256 aa  198  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.54 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 245 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  42.39 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 246 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 236 aa  194  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.67 
 
 		 242 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.04 
 
 		 246 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  45.42 
 
 		 243 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  47.7 
 
 		 235 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4191  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  42.39 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  45.11 
 
 		 261 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.68 
 
 		 245 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  41.25 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 246 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.7 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.75 
 
 		 236 aa  192  6e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 		 242 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  45.57 
 
 		 257 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  45.64 
 
 		 240 aa  191  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  45.64 
 
 		 240 aa  191  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 246 aa  191  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  45.57 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2732  osmolarity response regulator  45.45 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.744063  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  45.93 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1839  two component transcriptional regulator  45.53 
 
 		 255 aa  189  4e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.1183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  42.5 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 253 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.8 
 
 		 240 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2500  osmolarity response regulator  44.21 
 
 		 243 aa  188  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3153  osmolarity response regulator  44.21 
 
 		 243 aa  188  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0577  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 240 aa  188  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  43.72 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  40.5 
 
 		 250 aa  187  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  43.8 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  39.58 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2546  osmolarity response regulator  44.73 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.16006 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1584  osmolarity response regulator  43.8 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.131787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  43.75 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.92 
 
 		 259 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  43.21 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.84 
 
 		 239 aa  186  3e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  42.92 
 
 		 230 aa  186  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2713  osmolarity response regulator  44.73 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394419  normal  0.0259821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  41.56 
 
 		 241 aa  184  8e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 241 aa  184  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  40.91 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.46 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  39.43 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  42.56 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  39.84 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  43.15 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0378  two component transcriptional regulator  44.17 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  42.39 
 
 		 251 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4363  osmolarity response regulator  42.56 
 
 		 243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.127883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  43.46 
 
 		 267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.91 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14041  two-component response regulator  44.03 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.117879 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3034  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 238 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.633643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  40.93 
 
 		 241 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>