More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4370 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  100 
 
 		 290 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  95.52 
 
 		 290 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  56.79 
 
 		 287 aa  328  9e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  56.45 
 
 		 287 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  57.39 
 
 		 288 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  56.1 
 
 		 287 aa  325  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  56.4 
 
 		 293 aa  323  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  58.97 
 
 		 290 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  55.4 
 
 		 287 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  55.71 
 
 		 293 aa  319  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  58.1 
 
 		 288 aa  317  2e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  55.02 
 
 		 315 aa  315  5e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  58.19 
 
 		 288 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  57.09 
 
 		 290 aa  308  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  55.05 
 
 		 313 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 286 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  57.14 
 
 		 286 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  54.7 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3088  inner-membrane translocator  55.4 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  46.62 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3269  inner-membrane translocator  49.66 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  44.63 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  46.92 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1211  inner-membrane translocator  47 
 
 		 306 aa  228  9e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50053  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  45.05 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  43.1 
 
 		 305 aa  225  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3642  inner-membrane translocator  47 
 
 		 306 aa  225  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  44.71 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0176  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.535047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5096  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.681438  normal  0.989251 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4400  inner-membrane translocator  47.1 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  43.3 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  43.28 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2236  inner-membrane translocator  46.8 
 
 		 306 aa  202  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.428427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.46 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2459  inner-membrane translocator  43.34 
 
 		 308 aa  199  3e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  42.11 
 
 		 289 aa  198  7e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0861  inner-membrane translocator  46.28 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.220727  normal  0.159133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  40.77 
 
 		 285 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0635  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 306 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4609  inner-membrane translocator  43.34 
 
 		 329 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  43.6 
 
 		 286 aa  188  8e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.75 
 
 		 286 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4044  inner-membrane translocator  45.12 
 
 		 304 aa  187  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  40.66 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 		 290 aa  187  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  41.37 
 
 		 652 aa  187  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1449  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268141  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1287  inner-membrane translocator  39.72 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0365  inner-membrane translocator  43.62 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.43 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4819  putative ABC transporter, permease protein  37.85 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  39.64 
 
 		 285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  42.28 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0548  inner-membrane translocator  40.42 
 
 		 296 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 289 aa  179  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  36.79 
 
 		 286 aa  178  9e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1795  branched-chain amino acid ABC transporter permease  36.43 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.363639  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  42.35 
 
 		 286 aa  177  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1935  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.43 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1970  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 286 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000947675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0053  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  43.9 
 
 		 289 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  41.28 
 
 		 286 aa  176  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2024  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 296 aa  175  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1753  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 291 aa  175  8e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3674  putative urea/short-chain amide transport system permease protein  36.33 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.473884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3557  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  38.79 
 
 		 282 aa  171  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2565  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.65 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3408  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000427982 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2810  inner-membrane translocator  40.49 
 
 		 291 aa  169  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.144743  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6573  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 286 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0445304  hitchhiker  0.00930416 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1934  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.14 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0104  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.503861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0086  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.285698  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  39.34 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2969  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.968698  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  39.55 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6574  inner-membrane translocator  42.14 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0310358  normal  0.0403201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2034  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 284 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.191012  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2013  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 286 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.81 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3912  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1804  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0391263  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6091  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.754809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5727  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>