More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2361 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
383 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  32.9 
 
 
388 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
387 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
387 aa  177  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  31.64 
 
 
381 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 
373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.02 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
384 aa  139  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
376 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.42 
 
 
378 aa  130  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
380 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
379 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
374 aa  128  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
398 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
397 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.87 
 
 
397 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
399 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 
390 aa  127  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 
394 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 
379 aa  125  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.28 
 
 
399 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  28.14 
 
 
379 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
404 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 
404 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.42 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
382 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.41 
 
 
404 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
402 aa  120  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
379 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
405 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
397 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.3 
 
 
395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
378 aa  113  5e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
379 aa  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
371 aa  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
385 aa  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
382 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
383 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  28.46 
 
 
396 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.82 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
394 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
394 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1166  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
387 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.428965 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
373 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  27.32 
 
 
392 aa  109  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 
381 aa  109  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
397 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.42 
 
 
373 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 
397 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
381 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
380 aa  106  6e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
389 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
382 aa  106  7e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
373 aa  106  8e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
396 aa  106  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
373 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 
382 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 
401 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 
377 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
381 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
379 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
393 aa  104  3e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
393 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
370 aa  103  4e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
373 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 
384 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.86 
 
 
373 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
386 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.35 
 
 
385 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
386 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
396 aa  103  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
384 aa  103  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 
419 aa  102  8e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 
394 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
382 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
395 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
392 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
382 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
378 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
407 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
378 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
396 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
383 aa  99  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 
376 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.61 
 
 
382 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
395 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0398  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  23.18 
 
 
391 aa  99  1e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000849541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>