46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1311 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  100 
 
 		 289 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  52.43 
 
 		 295 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  49.81 
 
 		 297 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  46.72 
 
 		 293 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  36.25 
 
 		 322 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  31.84 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  34.29 
 
 		 295 aa  135  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  33.47 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  33.58 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  36.2 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  37.34 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.94 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  31.65 
 
 		 356 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  29.53 
 
 		 281 aa  92.4  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  27.75 
 
 		 330 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  30.34 
 
 		 263 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  28.22 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  31.25 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  32.31 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  27.17 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  30.18 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  30.18 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  30.72 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  27.69 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2751  cobalamin B12-binding protein  26.84 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0675  cobalamin B12-binding domain protein  29.35 
 
 		 224 aa  57  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000394435  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3086  hypothetical protein  27.01 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0163  cobalamin B12-binding  27.07 
 
 		 289 aa  57.4  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1467  cobalamin B12-binding  28.64 
 
 		 364 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.225745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0376  MerR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 293 aa  55.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0673  cobalamin B12-binding domain protein  28.7 
 
 		 349 aa  54.3  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.846284 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0108  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25 
 
 		 356 aa  53.9  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2639  cobalamin B12-binding  26.14 
 
 		 222 aa  52.8  0.000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  27.83 
 
 		 226 aa  51.2  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  23.53 
 
 		 339 aa  50.4  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  22.4 
 
 		 804 aa  50.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0859  homocysteine S-methyltransferase  22.81 
 
 		 804 aa  48.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000329444  normal  0.146867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1529  cobalamin B12-binding domain protein  28 
 
 		 372 aa  47.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1468  methionine synthase  23.91 
 
 		 218 aa  46.2  0.0006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.543896  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2116  regulatory protein, MerR  25.47 
 
 		 319 aa  46.2  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2702  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.17 
 
 		 305 aa  45.8  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1753  regulatory protein MerR  23.17 
 
 		 319 aa  45.8  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0291  cobalamin B12-binding domain protein  30.77 
 
 		 356 aa  45.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0655  cobalamin B12-binding domain protein  21.52 
 
 		 384 aa  43.9  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0061  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.08 
 
 		 217 aa  43.9  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2104  cobalamin B12-binding domain protein  27.19 
 
 		 228 aa  43.1  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0454156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>