More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3857 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3857  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 165 aa  332  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1493  response regulator receiver  89.57 
 
 		 166 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3805  response regulator receiver domain-containing protein  71.34 
 
 		 167 aa  233  8e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1870  response regulator receiver protein  85.61 
 
 		 167 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0529  putative response regulator receiver protein  61.03 
 
 		 169 aa  170  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4802  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 150 aa  84  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0517  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.33 
 
 		 139 aa  77.4  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355984  normal  0.550913 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4061  putative response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.601343  normal  0.164869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7676  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.97 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3853  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  38.39 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.548821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1496  response regulator and cylclic diguanylate phosphodiesterase  38.1 
 
 		 413 aa  68.2  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3799  response regulator receiver/diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 415 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 		 551 aa  63.9  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1421  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 		 404 aa  63.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1876  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  37.93 
 
 		 416 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.296132  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1479  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.75 
 
 		 445 aa  62  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 552 aa  60.5  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2739  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  29.79 
 
 		 1197 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.485487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  28.86 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2657  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  29.79 
 
 		 1197 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0634  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 1000 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.932649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  34.82 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2171  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  32.8 
 
 		 408 aa  58.5  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.189433  normal  0.293545 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3586  sensor histidine kinase/response regulator  36.96 
 
 		 1153 aa  58.5  0.00000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0532  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  30.7 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.693911  normal  0.53556 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.71 
 
 		 1356 aa  58.2  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 228 aa  58.2  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4313  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.57 
 
 		 965 aa  58.2  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.975749 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0247  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 467 aa  57.8  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  30.65 
 
 		 239 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28 
 
 		 477 aa  57.8  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.75 
 
 		 253 aa  57.8  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0575  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  38.4 
 
 		 235 aa  57.4  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  30.65 
 
 		 239 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1088  two component transcriptional regulator  39.02 
 
 		 264 aa  57.4  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3750  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  26.96 
 
 		 397 aa  57.4  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1940  response regulator  35.29 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249901  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.83 
 
 		 494 aa  57  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  29.93 
 
 		 231 aa  57  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0331  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 955 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.383184 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02280  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  29.08 
 
 		 1197 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1287  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.08 
 
 		 1197 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02241  hypothetical protein  29.08 
 
 		 1197 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 465 aa  56.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.167574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 642 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0735  two component transcriptional regulator  34.55 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3764  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 		 917 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.432635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  34.82 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1503  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 513 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1299  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  29.08 
 
 		 1197 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  29.2 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1803  two component transcriptional regulator  29.84 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.782093  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.17 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  37.5 
 
 		 1361 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3596  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.23 
 
 		 515 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.363783 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0590  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.19 
 
 		 440 aa  56.2  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3295  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.23 
 
 		 514 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.836784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0863  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.61 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.297515  normal  0.141829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2507  hybrid sensory histidine kinase in two-component regulatory system with EvgA  29.08 
 
 		 1197 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0203632  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0406  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  30.66 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1362 aa  55.8  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  33.33 
 
 		 734 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3035  response regulator receiver domain-containing protein  34.45 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 1127 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000286  response regulator VieA  26.61 
 
 		 384 aa  55.5  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.926031  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3227  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.30627  normal  0.696337 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.5 
 
 		 460 aa  55.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.2 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2107  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 768 aa  55.1  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  29.66 
 
 		 252 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0005  response regulator  27.48 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.201532  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2535  response regulator receiver protein  36.61 
 
 		 126 aa  55.5  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2795  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 266 aa  55.1  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  28.47 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4129  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 485 aa  55.1  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2668  response regulator receiver protein  30.09 
 
 		 675 aa  55.1  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2268  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.45 
 
 		 459 aa  55.1  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  32.67 
 
 		 368 aa  55.1  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 		 958 aa  55.1  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5307  response regulator receiver domain-containing protein  29.51 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0137607  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1407  two component transcriptional regulator  28.32 
 
 		 265 aa  54.7  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0418  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.22885  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  31.4 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0506  adenylate/guanylate cyclase  33.33 
 
 		 380 aa  54.3  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149903  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0199  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 451 aa  54.3  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.940712  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4253  two component transcriptional regulator  33.58 
 
 		 228 aa  54.3  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0029  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 126 aa  54.3  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0174  putative PAS/PAC sensor protein  27.64 
 
 		 498 aa  54.3  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 977 aa  54.3  0.0000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  33.87 
 
 		 235 aa  54.3  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  35 
 
 		 367 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5010  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 232 aa  53.9  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  39.24 
 
 		 598 aa  53.9  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  35 
 
 		 367 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4991  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 232 aa  53.9  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4745  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 232 aa  53.9  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  32.53 
 
 		 238 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>