More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0735 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0735  two component transcriptional regulator  100 
 
 
235 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2643  two component transcriptional regulator  77.97 
 
 
236 aa  350  8e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.92 
 
 
240 aa  271  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  60.26 
 
 
234 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  59.66 
 
 
230 aa  266  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  59.15 
 
 
239 aa  264  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0208  two component transcriptional regulator  55.83 
 
 
240 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.08 
 
 
231 aa  262  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0151  two component transcriptional regulator  55.37 
 
 
241 aa  248  7e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0213  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.56 
 
 
238 aa  239  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0395409  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0328  two component transcriptional regulator  57.38 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0194  two component transcriptional regulator  57.14 
 
 
251 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2635  two component transcriptional regulator  55.56 
 
 
239 aa  237  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179803  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0275  two component transcriptional regulator  57.81 
 
 
239 aa  235  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.295694  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
241 aa  209  2e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 
234 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 
234 aa  202  5e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 
245 aa  200  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
240 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  44.87 
 
 
243 aa  194  7e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2160  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 
240 aa  194  1e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  45.33 
 
 
227 aa  194  1e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0880  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 
234 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.220279 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0307  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.55 
 
 
242 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0295  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.55 
 
 
242 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.16 
 
 
236 aa  193  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1820  two component transcriptional regulator  44.81 
 
 
240 aa  192  4e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 
242 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  44.35 
 
 
227 aa  191  6e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2103  two component transcriptional regulator  44.81 
 
 
240 aa  191  6e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0666731  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.93 
 
 
259 aa  191  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
240 aa  190  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  190  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  47.35 
 
 
230 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  190  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  45.04 
 
 
254 aa  190  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  46.86 
 
 
240 aa  190  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0543  two component transcriptional regulator  43.23 
 
 
241 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  45.41 
 
 
257 aa  189  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  45.04 
 
 
254 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  48.5 
 
 
241 aa  189  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1321  two component transcriptional regulator  45.76 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0200617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  45.26 
 
 
248 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  188  5e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  48.67 
 
 
232 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.71 
 
 
251 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
241 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  188  7e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.62 
 
 
240 aa  188  7e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  45.69 
 
 
244 aa  187  8e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  43.51 
 
 
240 aa  187  9e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  43.72 
 
 
241 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 
227 aa  187  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 
242 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  44.83 
 
 
241 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 
239 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0204  osmolarity response regulator  44.35 
 
 
239 aa  186  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  43.29 
 
 
239 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  43.29 
 
 
239 aa  186  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.19 
 
 
241 aa  186  3e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  47.19 
 
 
241 aa  186  3e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  43.29 
 
 
239 aa  186  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  43.29 
 
 
239 aa  186  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46550  response regulator  46.47 
 
 
267 aa  185  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0203573  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.26 
 
 
262 aa  185  4e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  44.59 
 
 
241 aa  185  4e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  44.16 
 
 
240 aa  185  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  43.23 
 
 
239 aa  185  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  44.21 
 
 
238 aa  185  6e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  44 
 
 
227 aa  185  6e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  42.86 
 
 
239 aa  185  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  43.72 
 
 
241 aa  184  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  43.23 
 
 
239 aa  185  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  43.42 
 
 
239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  47.77 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2404  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.07 
 
 
223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  48.21 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  43.42 
 
 
239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  46.75 
 
 
236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  43.72 
 
 
241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2589  two component transcriptional regulator  45.69 
 
 
237 aa  182  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.521157  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>