More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3021 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  66.01 
 
 
506 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  78.82 
 
 
510 aa  806    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
510 aa  1016    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.309239  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2870  multi-sensor signal transduction histidine kinase  73.07 
 
 
510 aa  727    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267269  normal  0.250305 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  91.18 
 
 
510 aa  926    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.475252  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2190  multi-sensor signal transduction histidine kinase  65.2 
 
 
532 aa  640    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1754  bacteriophytochrome  63.56 
 
 
538 aa  625  1e-178  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.478191  normal  0.160792 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2335  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.41 
 
 
504 aa  432  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.08 
 
 
499 aa  357  3.9999999999999996e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0760832 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0666  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  43.69 
 
 
579 aa  340  4e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1783  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.95 
 
 
494 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.992798  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0150  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.73 
 
 
494 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0386  two component sensor kinase  38.34 
 
 
495 aa  280  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1341  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.55 
 
 
495 aa  277  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0234409  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.18 
 
 
887 aa  273  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.63 
 
 
632 aa  265  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.99 
 
 
627 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.69 
 
 
632 aa  262  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  46.37 
 
 
632 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0053  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
444 aa  220  5e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0051  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.7 
 
 
651 aa  212  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  43.01 
 
 
1053 aa  212  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1667  histidine kinase  37.84 
 
 
537 aa  201  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0824698 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1548  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.18 
 
 
430 aa  174  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.758672 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3631  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
361 aa  163  7e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.991332  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2867  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  29 
 
 
591 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1602  histidine kinase  28.7 
 
 
582 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0500  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
366 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
854 aa  143  7e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
1043 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1760  histidine kinase  32.87 
 
 
563 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
713 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.908922  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
929 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
575 aa  139  1e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
761 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 
493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
1267 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
710 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0991  histidine kinase  25.46 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  33.59 
 
 
494 aa  134  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.51 
 
 
368 aa  133  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
478 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 
941 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
642 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0994  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
640 aa  131  3e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.620121  normal  0.0418978 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.1 
 
 
1383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1994  histidine kinase  32.95 
 
 
387 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.376445  hitchhiker  0.00440814 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2336  PAS sensor protein  30.23 
 
 
350 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.870969  normal  0.135011 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0908  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
1267 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.142245  normal  0.539943 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
547 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.817663  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2606  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.59 
 
 
664 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
1252 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
767 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
677 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
380 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
781 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
770 aa  127  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.1 
 
 
1144 aa  127  6e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2103  histidine kinase  33.7 
 
 
382 aa  126  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
712 aa  125  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0547872  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
662 aa  125  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2719  histidine kinase  26.53 
 
 
490 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.369287 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2216  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.21 
 
 
458 aa  126  1e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.247022  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3363  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
515 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 
831 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
769 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4414  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 
1166 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107711 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2882  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
528 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
821 aa  124  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.44 
 
 
883 aa  124  5e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3744  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 
479 aa  124  5e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0408317  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
566 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3202  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
896 aa  124  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
553 aa  123  6e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2876  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
930 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1125  histidine kinase  31.25 
 
 
564 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0262  bacteriophytochrome-like protein  28.05 
 
 
505 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.268371 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1355  two component sensor histidine kinase  32.09 
 
 
391 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.649509  normal  0.244031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5034  histidine kinase  25.28 
 
 
498 aa  122  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0806  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
865 aa  121  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.613384  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2115  histidine kinase  33.1 
 
 
379 aa  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12648  Signal Transduction Histidine Kinase (STHK) with CheB and CheRactivity  30.94 
 
 
1200 aa  121  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  29.1 
 
 
515 aa  121  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
681 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.37 
 
 
817 aa  120  4.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3297  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
838 aa  120  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
508 aa  120  7.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4352  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 
1166 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
729 aa  120  7.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2215  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
810 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1212  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 
458 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.377857  hitchhiker  0.00290095 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.01 
 
 
361 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
639 aa  119  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
760 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
760 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 
1028 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  unclonable  0.0000177894 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
539 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.128925  normal  0.0899176 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1810  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.081179 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2319  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
536 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.774342  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
1669 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>