More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2158 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 208 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  68.75 
 
 		 220 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  47.32 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  46.83 
 
 		 229 aa  175  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  46.39 
 
 		 229 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  45.85 
 
 		 229 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  44.39 
 
 		 229 aa  168  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  44.33 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  43.94 
 
 		 227 aa  156  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  44.85 
 
 		 231 aa  154  6e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.18 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 222 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 227 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  41.44 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  41.44 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.78 
 
 		 228 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 230 aa  131  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  39.61 
 
 		 215 aa  128  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 220 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 226 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 204 aa  117  9e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.33 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  37.23 
 
 		 211 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.32 
 
 		 234 aa  112  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0212  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34 
 
 		 254 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.87 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 239 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  39.69 
 
 		 211 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 242 aa  105  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1356  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.51 
 
 		 256 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0588975 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 231 aa  103  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.59 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 262 aa  103  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  36.13 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0460  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 256 aa  102  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 230 aa  102  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2037  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 232 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441781 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 253 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3214  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 230 aa  99  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.939046  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 248 aa  98.6  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  31.68 
 
 		 251 aa  96.7  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 235 aa  97.1  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 249 aa  96.7  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1799  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.23 
 
 		 250 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.417815  normal  0.180258 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  32.54 
 
 		 243 aa  96.3  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  32.43 
 
 		 244 aa  95.9  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  37.77 
 
 		 250 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1843  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.8 
 
 		 250 aa  95.9  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0177159  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.23 
 
 		 250 aa  94.7  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1993  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.21 
 
 		 249 aa  94.7  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.238952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0749  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 242 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.887641  normal  0.079497 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.2 
 
 		 238 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1111  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 242 aa  92.8  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.700786  normal  0.531022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1204  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.64 
 
 		 242 aa  92.8  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.2 
 
 		 238 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2034  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.94 
 
 		 232 aa  92.4  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1811  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 244 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02295  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.74 
 
 		 248 aa  92.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.1 
 
 		 250 aa  92  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30.1 
 
 		 250 aa  92  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.59 
 
 		 250 aa  92  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.79 
 
 		 250 aa  91.7  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0665535  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1283  putative fumarate and nitrate reduction regulatory transcription regulator protein  32.64 
 
 		 242 aa  90.5  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0516193  normal  0.32826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.08 
 
 		 254 aa  90.9  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.32 
 
 		 247 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2417  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.1 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0646393  decreased coverage  0.000000159166 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1045  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.23 
 
 		 250 aa  90.1  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.18077  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003475  fumarate and nitrate reduction regulatory protein  29.23 
 
 		 248 aa  90.1  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.292896  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2162  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.914647  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1864  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.1 
 
 		 250 aa  89.4  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.856056  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2209  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00613295  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.65 
 
 		 248 aa  89.7  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2212  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 272 aa  89.7  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4495  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2222  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.72 
 
 		 250 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000942023  normal  0.178468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.17 
 
 		 254 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1991  transcriptional activator Anr  30.23 
 
 		 244 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.695719  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2018  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  27.86 
 
 		 252 aa  89.4  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2582  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.57 
 
 		 254 aa  89  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.41 
 
 		 250 aa  89  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.41 
 
 		 250 aa  89  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.41 
 
 		 250 aa  89  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3425  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  30.23 
 
 		 244 aa  88.6  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.15 
 
 		 248 aa  88.6  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1951  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.21 
 
 		 250 aa  88.2  8e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80493  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2378  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 248 aa  87.4  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 242 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2219  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.41 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2081  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  28.32 
 
 		 250 aa  86.7  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>