More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4801 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  590  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  94.93 
 
 		 297 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  92.23 
 
 		 296 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  75.68 
 
 		 300 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  73.38 
 
 		 294 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  72.35 
 
 		 294 aa  428  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  69.55 
 
 		 295 aa  403  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  35.69 
 
 		 297 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 313 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 311 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 292 aa  178  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 326 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  38.28 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  36.21 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 292 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  32.6 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  32.86 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 307 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 292 aa  149  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 291 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3125  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  35.17 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  34.4 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  36.71 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 321 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  27.56 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7442  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 307 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1130  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 287 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2212  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2083  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.163485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0697  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>