More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4006 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4006  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00309329  normal  0.374097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1713  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 		 310 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0202364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1305  LysR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 310 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111615  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  91.94 
 
 		 310 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2337  pca operon transcriptional activator PcaQ  68.28 
 
 		 309 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.269299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38270  pca operon transcription factor PcaQ  68.08 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0230  transcriptional regulator PcaQ  70.96 
 
 		 305 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  66.67 
 
 		 306 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547513  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01890  transcriptional regulator PcaQ  69.23 
 
 		 275 aa  364  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536002  normal  0.885717 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 310 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3914  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.21984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1381  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.31695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1317  transcriptional regulator, LysR family  42.72 
 
 		 314 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.754776  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1717  LysR substrate binding domain-containing protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0492643 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1739  LysR substrate binding domain protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1743  LysR substrate binding domain protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.574272 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1532  LysR substrate binding domain protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1803  LysR substrate binding domain-containing protein  41.02 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2686  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.247375 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7076  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 327 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5938  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.254792 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 328 aa  201  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1440  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  44.21 
 
 		 319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 316 aa  199  5e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 337 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0642  transcriptional regulator PcaQ  36.24 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0626  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.284859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3724  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0604  pca operon transcription factor PcaQ  36.24 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2027  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.294769  hitchhiker  0.0000000175537 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2237  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956085 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1601  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1752  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.53029e-17 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1504  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01379  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.61 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2224  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.1844  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01391  hypothetical protein  41.61 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44.73 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  44.73 
 
 		 454 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1647  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.997012  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 333 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1964  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3489  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 330 aa  192  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.371565 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 369 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 328 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2503  LysR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 328 aa  185  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3572  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 322 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4160  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.181035 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6124  pca operon transcription factor PcaQ  36.17 
 
 		 284 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0261121  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0562  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260746  normal  0.122148 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5026  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 325 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.572063  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4012  putative LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 351 aa  153  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4463  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 312 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 323 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 323 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  31.16 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.65 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2349  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04629  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3439  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.444229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5497  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 383 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1954  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.176573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>