More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2808 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
250 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  92.4 
 
 
250 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  92 
 
 
250 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  91.6 
 
 
250 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.34 
 
 
253 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.34 
 
 
253 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  55.91 
 
 
253 aa  298  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.09 
 
 
257 aa  291  6e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0594  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.7 
 
 
257 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  53.75 
 
 
253 aa  288  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.02 
 
 
255 aa  277  1e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4274  extracellular solute-binding protein  49.79 
 
 
258 aa  245  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0882363  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1588  extracellular solute-binding protein  49.79 
 
 
260 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2066  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  48.19 
 
 
258 aa  228  7e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1562  extracellular solute-binding protein  46.32 
 
 
261 aa  225  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.470134  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2289  extracellular solute-binding protein family 3  48.95 
 
 
257 aa  215  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.019267  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2251  extracellular solute-binding protein  43.32 
 
 
263 aa  214  9e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.755561  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2056  extracellular solute-binding protein family 3  48.12 
 
 
257 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00137642  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4912  extracellular solute-binding protein  44.44 
 
 
254 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0311  extracellular solute-binding protein  43.72 
 
 
248 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00127977  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2214  extracellular solute-binding protein  42.97 
 
 
268 aa  209  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0955  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.55 
 
 
268 aa  207  9e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0776363  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0854  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.45 
 
 
282 aa  206  2e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5358  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.03 
 
 
254 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5891  putative periplasmic binding protein  45.45 
 
 
250 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68070  putative periplasmic binding protein  45.45 
 
 
250 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467705  normal  0.0215943 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0327  extracellular solute-binding protein  47.3 
 
 
305 aa  205  6e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0300  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
250 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.639045  normal  0.100336 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4365  extracellular solute-binding protein  41.27 
 
 
264 aa  203  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0305  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 
250 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000409143  normal  0.868034 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2074  extracellular solute-binding protein  47.16 
 
 
277 aa  202  5e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2235  extracellular solute-binding protein  42.21 
 
 
268 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4270  extracellular solute-binding protein  43.91 
 
 
250 aa  201  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.861992  hitchhiker  0.00000000000000985175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0282  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.11 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0338349  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  42.97 
 
 
257 aa  198  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4531  extracellular solute-binding protein family 3  42.23 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.417135  normal  0.112125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1958  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter  41.43 
 
 
258 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.488249  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2879  putative amino acid binding protein  42.11 
 
 
263 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.336803  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2833  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  42.97 
 
 
258 aa  194  9e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  45.22 
 
 
266 aa  192  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1454  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  41.88 
 
 
260 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000138881  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1113  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 
252 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.264301  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2916  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  42.35 
 
 
257 aa  191  9e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0769727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2064  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  40.15 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3578  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.02 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.930436  normal  0.442967 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0325  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 
266 aa  188  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6600  extracellular solute-binding protein  44.73 
 
 
265 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  42.86 
 
 
268 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3775  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  41.15 
 
 
261 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.361266  hitchhiker  0.000380628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4292  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  40.62 
 
 
257 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2561  extracellular solute-binding protein family 3  43.04 
 
 
263 aa  185  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.52541  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2456  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 
265 aa  184  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.68791  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003972  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  42.31 
 
 
256 aa  183  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01550  hypothetical protein  42.31 
 
 
258 aa  181  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4626  arginine/ornithine binding protein AotJ  40.91 
 
 
259 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  42.42 
 
 
268 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4486  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.74 
 
 
261 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1429  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.74 
 
 
261 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0594365  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1928  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 
265 aa  179  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1067  extracellular solute-binding protein family 3  38.46 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0464798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2469  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  41.38 
 
 
256 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.571347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52790  arginine/ornithine binding protein AotJ  40.33 
 
 
259 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3991  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.33 
 
 
261 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1240  amino acid binding protein  40.83 
 
 
263 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0175  extracellular solute-binding protein  39.73 
 
 
260 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.42214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13990  putative amino acid ABC transporter  40.83 
 
 
263 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.258104  normal  0.0183711 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3227  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 
261 aa  175  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.355644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 
262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7494  extracellular solute-binding protein  38.98 
 
 
255 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0124491  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0967  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.06 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1094  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40.31 
 
 
258 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.382529  normal  0.0677014 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.02 
 
 
267 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5447  extracellular solute-binding protein  38.17 
 
 
267 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.111655  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5069  extracellular solute-binding protein family 3  40.98 
 
 
253 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3780  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.08 
 
 
260 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.219824  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2189  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, periplasmic ligand binding protein  36.82 
 
 
260 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.300771 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5842  extracellular solute-binding protein family 3  41.25 
 
 
261 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1525  extracellular solute-binding protein  37.65 
 
 
255 aa  170  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.490796  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5014  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  44 
 
 
256 aa  169  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5565  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.6 
 
 
260 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.857563  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5308  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.4 
 
 
260 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000841131  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4897  extracellular solute-binding protein  37.79 
 
 
267 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.569673 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5953  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  37.08 
 
 
260 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203121  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3739  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.23 
 
 
260 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40213  normal  0.421075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4765  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  35.98 
 
 
260 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.458937  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3207  extracellular solute-binding protein  35 
 
 
263 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4902  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  36.23 
 
 
260 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.463911  decreased coverage  0.0000475761 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3571  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  39.69 
 
 
258 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.820005  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4610  extracellular solute-binding protein  37.26 
 
 
267 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.232439  hitchhiker  0.000666922 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0228  lysine/arginine/ornithine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.72 
 
 
260 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.892568  normal  0.956195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1826  arginine/ornithine ABC transporter, periplasmic arginine/ornithine-binding protein  39.92 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5241  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 
267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.421239  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5618  extracellular solute-binding protein  36.26 
 
 
267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138566  normal  0.0848132 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2076  extracellular solute-binding protein  39.57 
 
 
264 aa  164  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2254  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.72 
 
 
260 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164207  normal  0.105127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5438  lysine-arginine-ornithine-binding periplasmic protein  34.59 
 
 
260 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4845  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.59 
 
 
260 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5424  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  34.59 
 
 
260 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.717172  normal  0.449482 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2793  extracellular solute-binding protein  38.49 
 
 
255 aa  164  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>