More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4681 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  97.8 
 
 		 773 aa  1558    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  50.34 
 
 		 759 aa  745    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  78.15 
 
 		 772 aa  1254    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  80.6 
 
 		 773 aa  1321    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  46.74 
 
 		 748 aa  665    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  81.37 
 
 		 773 aa  1330    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  44.47 
 
 		 827 aa  652    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  43.91 
 
 		 780 aa  654    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  84.77 
 
 		 774 aa  1376    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  51.26 
 
 		 778 aa  773    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  74.2 
 
 		 780 aa  1199    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  44.86 
 
 		 881 aa  638    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  78.48 
 
 		 775 aa  1261    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  97.54 
 
 		 773 aa  1555    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  100 
 
 		 773 aa  1587    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  43.26 
 
 		 777 aa  650    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  44.25 
 
 		 827 aa  653    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  95.6 
 
 		 773 aa  1530    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  50.07 
 
 		 772 aa  769    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  45.69 
 
 		 830 aa  650    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  44.85 
 
 		 776 aa  652    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  47.61 
 
 		 732 aa  707    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  78.32 
 
 		 774 aa  1262    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  41.7 
 
 		 781 aa  622  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  41.97 
 
 		 768 aa  617  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  42.74 
 
 		 764 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  42.74 
 
 		 764 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  42.61 
 
 		 764 aa  611  1e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  42.82 
 
 		 779 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  42.18 
 
 		 790 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  42.57 
 
 		 768 aa  600  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  41.81 
 
 		 774 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  41.68 
 
 		 774 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  40.76 
 
 		 790 aa  594  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  41.68 
 
 		 791 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  42.82 
 
 		 779 aa  595  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  40.47 
 
 		 796 aa  593  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  40.37 
 
 		 766 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  41.54 
 
 		 774 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  41.26 
 
 		 789 aa  588  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  41.27 
 
 		 787 aa  587  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  40.46 
 
 		 742 aa  583  1.0000000000000001e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  42.01 
 
 		 777 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  40.86 
 
 		 790 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  41.5 
 
 		 791 aa  572  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  42.39 
 
 		 826 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  41.28 
 
 		 826 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  41.01 
 
 		 826 aa  559  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  41.14 
 
 		 824 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  41.14 
 
 		 826 aa  560  1e-158  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  41.86 
 
 		 836 aa  554  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  41.46 
 
 		 833 aa  547  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  41.05 
 
 		 814 aa  536  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  40.68 
 
 		 813 aa  538  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  39.71 
 
 		 827 aa  538  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  40.71 
 
 		 730 aa  532  1e-150  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  41.06 
 
 		 840 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  41.06 
 
 		 840 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  39.66 
 
 		 792 aa  529  1e-149  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  41.06 
 
 		 840 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  39.06 
 
 		 754 aa  528  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  40.93 
 
 		 840 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  40.93 
 
 		 840 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  39.15 
 
 		 766 aa  526  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  40.57 
 
 		 841 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  40.85 
 
 		 844 aa  524  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  40.85 
 
 		 844 aa  523  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  37.28 
 
 		 769 aa  523  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  40.71 
 
 		 840 aa  523  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  40.85 
 
 		 844 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  40.57 
 
 		 844 aa  523  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  40.85 
 
 		 844 aa  524  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  40.85 
 
 		 844 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  40.57 
 
 		 841 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  39.79 
 
 		 792 aa  520  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  38.82 
 
 		 841 aa  517  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  35.96 
 
 		 757 aa  422  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  32.86 
 
 		 890 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  30.92 
 
 		 766 aa  370  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  34 
 
 		 744 aa  316  8e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  33.85 
 
 		 701 aa  313  7.999999999999999e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  38.1 
 
 		 714 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2430  1A family penicillin-binding protein  32.2 
 
 		 667 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000145418  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  37.5 
 
 		 714 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  34.18 
 
 		 761 aa  306  1.0000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  36.23 
 
 		 739 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  37.12 
 
 		 720 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0080  1A family penicillin-binding protein  32.27 
 
 		 704 aa  303  7.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  37.7 
 
 		 757 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  35.5 
 
 		 732 aa  303  1e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  35.86 
 
 		 734 aa  296  7e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  35.51 
 
 		 734 aa  296  1e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  33.7 
 
 		 648 aa  295  2e-78  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  33.58 
 
 		 643 aa  294  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  33.58 
 
 		 643 aa  294  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  35.87 
 
 		 735 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1561  1A family penicillin-binding protein  32.05 
 
 		 662 aa  290  7e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  34.67 
 
 		 625 aa  289  1e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5055  penicillin-binding protein  31.72 
 
 		 683 aa  288  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  35.64 
 
 		 775 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>