59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0653 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0653  type IV pili biogenesis protein FimT  100 
 
 		 161 aa  325  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.679722  normal  0.506575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0607  type IV pili biogenesis protein FimT, putative  72.5 
 
 		 160 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0648  hypothetical protein  71.25 
 
 		 160 aa  200  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4555  type IV pili biogenesis protein FimT  67.7 
 
 		 163 aa  198  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.691315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4848  general secretion pathway protein H  30.81 
 
 		 184 aa  84  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0714  type IV pilus biogenesis protein  28.48 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0810  type IV pilus biogenesis protein  28.74 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0021  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.83 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11820  type IV pilus biogenesis protein, FimT  26.75 
 
 		 171 aa  60.5  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0215  hypothetical protein  29.81 
 
 		 174 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0562308 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2679  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  32.43 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1132  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.21 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1167  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.21 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.350797 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3224  type IV pilus biogenesis protein, putative  23.21 
 
 		 170 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1068  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.59 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.537139  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2915  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  27.93 
 
 		 157 aa  52  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3230  fimbrial pilin related signal peptide protein  27.61 
 
 		 171 aa  51.2  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.591415  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0091  hypothetical protein  30.67 
 
 		 182 aa  50.8  0.000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.152728  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3040  general secretion pathway protein H  25.19 
 
 		 177 aa  50.8  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.504644  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0670  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.01 
 
 		 214 aa  50.8  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.648692  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3549  Tfp pilus assembly protein FimT  30.86 
 
 		 201 aa  50.4  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0713  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  29.56 
 
 		 214 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.687986 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1093  type IV pilus biogenesis protein, putative  31.4 
 
 		 178 aa  49.3  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0722  putative type 4 fimbrial pilin related transmembrane protein  29.49 
 
 		 203 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.905296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2827  Tfp pilus assembly protein  21.6 
 
 		 192 aa  49.7  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1301  type IV pilus biogenesis protein, putative  25.88 
 
 		 177 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.397112 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0214  pre-pilin like leader sequence  24.06 
 
 		 172 aa  48.9  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0250023 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2881  methylation site containing protein  27.59 
 
 		 170 aa  48.1  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0489  methylation  26.9 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3029  methylation site containing protein  26.51 
 
 		 155 aa  45.8  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.305905 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3181  N-terminal methylation site  30.67 
 
 		 175 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3126  methylation site containing protein  23.38 
 
 		 160 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2947  methylation site containing protein  23.84 
 
 		 160 aa  45.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0992621  normal  0.405183 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1302  type IV pilus biogenesis protein, putative  28.95 
 
 		 169 aa  44.7  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.391633 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1204  methylation site containing protein  26.04 
 
 		 162 aa  44.7  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0219  putative type IV pilin  32.89 
 
 		 182 aa  44.3  0.0008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.130638 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1094  type IV pilus biogenesis protein, putative  26.04 
 
 		 170 aa  44.3  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3125  methylation site containing protein  23.57 
 
 		 170 aa  43.9  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5190  type 4 fimbrial biogenesis protein FimU  23.93 
 
 		 168 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.875037  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3521  type IV pilus biogenesis protein, putative  24.73 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0857  general secretion pathway protein H  30.09 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05337  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  28.92 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.693608 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5189  type 4 fimbrial biogenesis protein FimT  26.5 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2270  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  23.95 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1070  methylation site containing protein  25.9 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0856  pilus assembly protein  27.44 
 
 		 164 aa  42.4  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2946  methylation site containing protein  23.57 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105075  normal  0.412318 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3028  methylation site containing protein  23.57 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1895  type 4 fimbrial biogenesis protein  30.86 
 
 		 195 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1834  fimbrial biogenesis protein  30.86 
 
 		 195 aa  41.6  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.723988  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1166  type IV pilus biogenesis protein, putative  22.58 
 
 		 164 aa  42  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.334361 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1109  type IV pilus biogenesis protein, putative  27.1 
 
 		 170 aa  41.6  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0384  general secretion pathway protein H  24.52 
 
 		 169 aa  41.2  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3523  general secretion pathway protein H  24.52 
 
 		 169 aa  41.2  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0253  putative type-4 fimbrial pilin related signal peptide protein  25.6 
 
 		 168 aa  41.2  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3229  Tfp pilus assembly protein  24.32 
 
 		 147 aa  40.8  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0962  Tfp pilus assembly protein FimT-like protein  24.18 
 
 		 162 aa  40.4  0.009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  24.32 
 
 		 179 aa  40.4  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0384  general secretion pathway protein H  24.52 
 
 		 169 aa  40.4  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>