More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1493 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1493  regulatory protein, LacI  100 
 
 		 376 aa  756    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1738  LacI family transcription regulator  82.77 
 
 		 358 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.274916  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3412  transcriptional regulator, LacI family  65.8 
 
 		 342 aa  425  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0061  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 344 aa  266  5.999999999999999e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26870  transcriptional regulator PtxS  40.75 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0171  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 338 aa  248  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2900  LacI family transcription regulator  38.84 
 
 		 341 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2564  LacI family transcription regulator  42.32 
 
 		 339 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199542 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2567  LacI family transcription regulator  41.06 
 
 		 340 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.335258  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3380  transcriptional regulator PtxS  41.57 
 
 		 339 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.333102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2378  regulatory protein, LacI  41.57 
 
 		 339 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2981  transcriptional regulator PtxS  40.64 
 
 		 340 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.322306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35370  transcriptional regulator PtxS  40.35 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0118446  normal  0.0830147 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0275  LacI family transcription regulator  40.9 
 
 		 361 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0759  transcriptional regulator, LacI family  40.52 
 
 		 354 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.153259 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1983  LacI family transcription regulator  38.1 
 
 		 360 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.104986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0693  transcriptional regulator, LacI family  40.23 
 
 		 354 aa  220  3e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1250  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 356 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.101547  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0965  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2285  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2299  LacI family transcription regulator  38.79 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2093  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2150  LacI family transcription regulator  39.48 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.841992  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2275  transcriptional regulator, LacI family  38.61 
 
 		 362 aa  215  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.898622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5026  LacI family transcription regulator  39.36 
 
 		 347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1651  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1651  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.44 
 
 		 338 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1529  LacI family transcription regulator  36.87 
 
 		 347 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.98616  normal  0.839967 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1743  LacI family transcription regulator  36.15 
 
 		 348 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79777  normal  0.50897 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6349  LacI family transcription regulator  37.93 
 
 		 347 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1729  LacI family transcription regulator  37.93 
 
 		 347 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0114  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 341 aa  187  3e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0403  GalR family transcription regulator  30.09 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625005  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  33.61 
 
 		 349 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0407  LacI family transcription regulator  29.78 
 
 		 337 aa  167  4e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.210448  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.62 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.62 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  33.62 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  33.62 
 
 		 343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  32.15 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  31.27 
 
 		 347 aa  163  6e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  33.14 
 
 		 337 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.94 
 
 		 334 aa  162  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  33.03 
 
 		 330 aa  162  1e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1808  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.97 
 
 		 327 aa  160  4e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.379781  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  32.84 
 
 		 338 aa  159  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 343 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1896  sugar-binding transcriptional regulator RegR  28.49 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.150149  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  32.2 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.82 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  30.86 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.86 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  30.86 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  30.86 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.14 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.21 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.85 
 
 		 348 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.29 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  30.56 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  30.56 
 
 		 330 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 343 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  30.56 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 346 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  30.56 
 
 		 330 aa  153  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  30.27 
 
 		 330 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  30.56 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 346 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  30.48 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 338 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2830  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 		 335 aa  152  1e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0473257  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4247  alanine racemase  35.21 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.645123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  31.3 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 		 352 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.55 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.91 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 340 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.54 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  33.72 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0794  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0417873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  30.27 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.29 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  30.27 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.06 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  29.55 
 
 		 368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  32.54 
 
 		 331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 340 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>