66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1316 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1316  hypothetical protein  100 
 
 		 256 aa  520  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21840  hypothetical protein  48.23 
 
 		 248 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000223447  hitchhiker  0.00300338 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1862  hypothetical protein  47.51 
 
 		 248 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0011565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1804  hypothetical protein  28.1 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.86185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1543  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.3 
 
 		 245 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.807599  normal  0.747286 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3602  hypothetical protein  25.94 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3802  hypothetical protein  25.84 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44640  hypothetical protein  25.43 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000281012  normal  0.174562 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0301  extracellular solute-binding protein family 3  21.03 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.133658 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  28.41 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0372  hypothetical protein  22.55 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  22.5 
 
 		 255 aa  53.5  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3835  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 254 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308177  normal  0.460192 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4186  extracellular solute-binding protein family 3  19.58 
 
 		 263 aa  52.4  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1598  extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 268 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 269 aa  52  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  19.58 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4270  hypothetical protein  25.94 
 
 		 268 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1194  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.7 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0931716  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0172  extracellular solute-binding protein family 3  21.25 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00460836  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2979  extracellular solute-binding protein  25.13 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0336  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.03 
 
 		 333 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 270 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07039  hypothetical protein  22.12 
 
 		 251 aa  49.7  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  21.94 
 
 		 257 aa  48.9  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 279 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2385  hypothetical protein  26.5 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.23 
 
 		 483 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1277  cjaC protein  22.73 
 
 		 251 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0834  CjaC  21.97 
 
 		 251 aa  47.4  0.0002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0757  cjaC protein  21.97 
 
 		 251 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.943565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  27.71 
 
 		 258 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  26.36 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  21.38 
 
 		 502 aa  47  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  21.38 
 
 		 502 aa  47  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  25.84 
 
 		 258 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  23.53 
 
 		 252 aa  46.2  0.0005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.36 
 
 		 489 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  23.39 
 
 		 275 aa  45.8  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  21.36 
 
 		 489 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  27.2 
 
 		 258 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.95 
 
 		 264 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  21.36 
 
 		 489 aa  45.8  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  23.04 
 
 		 275 aa  45.4  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0489  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  17.26 
 
 		 490 aa  45.4  0.0009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0849  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0453147  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  23.39 
 
 		 503 aa  45.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0366  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.996881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0821  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0206084  normal  0.0792038 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3522  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.58 
 
 		 276 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.389292 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0581  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.8 
 
 		 278 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.143423  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  22.58 
 
 		 503 aa  43.9  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25.58 
 
 		 255 aa  43.9  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2538  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 259 aa  43.9  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.527572  normal  0.516137 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  20.51 
 
 		 275 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  24.77 
 
 		 255 aa  42.7  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0343  extracellular solute-binding protein  20.65 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  22.56 
 
 		 257 aa  42.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2062  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  24.38 
 
 		 499 aa  42.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.04 
 
 		 259 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 257 aa  42.7  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1569  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 264 aa  42.7  0.006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.313836 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 258 aa  42.4  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0741  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790935 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0724  extracellular solute-binding protein  24.06 
 
 		 259 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.150259  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  24 
 
 		 255 aa  42  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>