More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1251 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 228 aa  464  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  63.27 
 
 		 230 aa  285  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.27 
 
 		 230 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.62 
 
 		 231 aa  274  6e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.72 
 
 		 237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.09 
 
 		 231 aa  271  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.91 
 
 		 239 aa  271  7e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.26 
 
 		 231 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  60 
 
 		 232 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.85 
 
 		 232 aa  267  8.999999999999999e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.48 
 
 		 239 aa  264  8e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.22 
 
 		 231 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.14 
 
 		 239 aa  260  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  63 
 
 		 229 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  63 
 
 		 229 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.19 
 
 		 236 aa  258  4e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.04 
 
 		 243 aa  254  7e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.41 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.58 
 
 		 235 aa  249  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.22 
 
 		 230 aa  244  9.999999999999999e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.82 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.35 
 
 		 238 aa  236  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.02 
 
 		 226 aa  235  4e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.95 
 
 		 236 aa  233  3e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.85 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.02 
 
 		 241 aa  228  9e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.04 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.85 
 
 		 237 aa  227  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.49 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.09 
 
 		 240 aa  226  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.59 
 
 		 236 aa  225  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  51.75 
 
 		 242 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  51.48 
 
 		 245 aa  223  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  51.74 
 
 		 236 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.29 
 
 		 243 aa  222  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.23 
 
 		 230 aa  221  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 		 237 aa  220  9.999999999999999e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  50.85 
 
 		 240 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  45.61 
 
 		 239 aa  218  7.999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 		 236 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  50.22 
 
 		 231 aa  215  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.51 
 
 		 238 aa  215  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.76 
 
 		 257 aa  215  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.49 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  47.93 
 
 		 259 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  52.19 
 
 		 242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  48.75 
 
 		 252 aa  211  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.92 
 
 		 237 aa  211  5.999999999999999e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  44.75 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  44.75 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 		 234 aa  209  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  48.31 
 
 		 241 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.5 
 
 		 234 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  46.12 
 
 		 246 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.52 
 
 		 233 aa  204  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  46.12 
 
 		 246 aa  204  9e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.1 
 
 		 231 aa  204  9e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.28 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  47.37 
 
 		 238 aa  203  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.85 
 
 		 237 aa  202  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  48.72 
 
 		 244 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.99 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  48.72 
 
 		 244 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.02 
 
 		 231 aa  202  4e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.84 
 
 		 243 aa  202  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.96 
 
 		 234 aa  202  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.66 
 
 		 234 aa  202  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.67 
 
 		 241 aa  201  7e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  47.84 
 
 		 236 aa  200  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.84 
 
 		 232 aa  200  9.999999999999999e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 237 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  46.52 
 
 		 240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.9 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 		 244 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  48.09 
 
 		 244 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.4 
 
 		 235 aa  199  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.03 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  49.54 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  46.12 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.3 
 
 		 267 aa  198  5e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.49 
 
 		 237 aa  198  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  46.86 
 
 		 252 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  48.09 
 
 		 244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  46.44 
 
 		 254 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  47.11 
 
 		 244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.11 
 
 		 239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  45.34 
 
 		 244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.57 
 
 		 243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 252 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 252 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  47.44 
 
 		 249 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.22 
 
 		 231 aa  195  6e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>