More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4575 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 322 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3825  hypothetical protein  78.6 
 
 		 311 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0738  LysR family transcriptional regulator  71.86 
 
 		 296 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2027  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 296 aa  408  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.446931  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 298 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 314 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  63.18 
 
 		 300 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  63.18 
 
 		 300 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  56.08 
 
 		 312 aa  326  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 324 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 305 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 298 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 301 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 301 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 308 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 297 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 304 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 303 aa  240  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3302  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.510167  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 300 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  42.01 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 300 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3178  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  39.73 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  39.67 
 
 		 300 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  41.5 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  38.59 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1473  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.714128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 296 aa  212  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1369  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 295 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5747  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.017343  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1553  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.202172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1353  carbonate dehydratase  41.3 
 
 		 304 aa  210  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199721  normal  0.335496 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  38.64 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1060  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 311 aa  206  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0060  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3350  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0059  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 297 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183636  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3090  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1212  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2875  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 297 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1953  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.139294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3801  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000297403 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  41.58 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0040  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3219  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.888048  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1231  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0538155  normal  0.588192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  36.95 
 
 		 297 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 312 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3064  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 329 aa  202  8e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>