More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1877 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



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Plasmid unclonability p-value
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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2275  single-stranded-DNA-specific exonuclease  61.46 
 
 		 585 aa  652    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008686  Pden_1877  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  100 
 
 		 580 aa  1126    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2059  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  64.06 
 
 		 583 aa  679    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007493  RSP_0405  single-stranded DNA-specific exonuclease  64.24 
 
 		 583 aa  681    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3002  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.27 
 
 		 582 aa  637    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.728985  normal  0.47011 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0832  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  63.89 
 
 		 583 aa  676    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792862 
 
 
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NC_008044  TM1040_2166  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  59.79 
 
 		 603 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2948  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.82 
 
 		 603 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181074  hitchhiker  0.00226197 
 
 
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NC_009720  Xaut_4751  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.17 
 
 		 626 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2499  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.4 
 
 		 633 aa  487  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.408241  normal  0.222109 
 
 
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NC_011004  Rpal_2787  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.05 
 
 		 613 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007925  RPC_2813  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.99 
 
 		 613 aa  480  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0113123  normal  1 
 
 
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NC_010505  Mrad2831_2797  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.83 
 
 		 605 aa  472  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532995  normal  0.915588 
 
 
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NC_011666  Msil_3073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  49.91 
 
 		 603 aa  474  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1563  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.06 
 
 		 610 aa  474  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.553946 
 
 
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NC_007406  Nwi_1645  RecJ exonuclease  47.64 
 
 		 613 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.79109 
 
 
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NC_007778  RPB_2962  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  46.87 
 
 		 613 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.972235 
 
 
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NC_008254  Meso_0990  exonuclease RecJ  47.01 
 
 		 594 aa  465  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007964  Nham_2307  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.88 
 
 		 613 aa  464  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_2885  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.59 
 
 		 611 aa  463  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_4000  exonuclease RecJ  47.8 
 
 		 613 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010172  Mext_2762  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.93 
 
 		 611 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011989  Avi_2280  single-stranded-DNA-specific exonuclease  45.84 
 
 		 600 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.340529  n/a   
 
 
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NC_007799  ECH_1115  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  42.68 
 
 		 589 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011894  Mnod_0206  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.37 
 
 		 597 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011757  Mchl_2989  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  50.76 
 
 		 611 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.907848 
 
 
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NC_008347  Mmar10_1506  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.86 
 
 		 603 aa  451  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008783  BARBAKC583_0900  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.54 
 
 		 594 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.209081  n/a   
 
 
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NC_010511  M446_3141  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  51.45 
 
 		 597 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
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NC_009484  Acry_1296  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.12 
 
 		 594 aa  444  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1920  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.67 
 
 		 594 aa  441  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007354  Ecaj_0891  RecJ exonuclease  41.11 
 
 		 584 aa  441  9.999999999999999e-123  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007643  Rru_A2408  RecJ exonuclease  46.34 
 
 		 606 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1547  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.99 
 
 		 600 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_1741  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.33 
 
 		 600 aa  434  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
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NC_004310  BR1270  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.52 
 
 		 594 aa  432  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007794  Saro_2274  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  48.64 
 
 		 573 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.349175  n/a   
 
 
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NC_009505  BOV_1231  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.86 
 
 		 575 aa  423  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.337799  n/a   
 
 
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NC_002978  WD0312  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  40.34 
 
 		 579 aa  410  1e-113  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009636  Smed_1452  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  45.41 
 
 		 600 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00256801  hitchhiker  0.00132955 
 
 
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NC_010338  Caul_3011  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.52 
 
 		 605 aa  394  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245556  normal  1 
 
 
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NC_009511  Swit_4733  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.39 
 
 		 588 aa  388  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011365  Gdia_2502  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  44.86 
 
 		 619 aa  385  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.386511  normal  0.196855 
 
 
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NC_008048  Sala_3014  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  47.53 
 
 		 588 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.858016 
 
 
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NC_007798  NSE_0712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.68 
 
 		 577 aa  365  1e-99  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_1758  exonuclease RecJ  39.56 
 
 		 592 aa  358  9.999999999999999e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.150743  normal  0.165864 
 
 
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NC_008346  Swol_0805  single-stranded DNA-specific exonuclease-like protein  35.59 
 
 		 932 aa  286  7e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00139649  n/a   
 
 
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NC_009483  Gura_1721  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.19 
 
 		 573 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009012  Cthe_1346  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.68 
 
 		 827 aa  284  4.0000000000000003e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000597878  n/a   
 
 
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NC_011899  Hore_12210  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.05 
 
 		 814 aa  283  8.000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000495428  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1298  RecJ exonuclease  38.43 
 
 		 571 aa  281  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.882929  normal  0.617769 
 
 
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NC_004578  PSPTO_1488  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.39 
 
 		 569 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010501  PputW619_4142  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.04 
 
 		 569 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.810057 
 
 
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NC_002947  PP_1477  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.5 
 
 		 569 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.221142  normal  0.152861 
 
 
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NC_009512  Pput_4244  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.32 
 
 		 569 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_2006  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.56 
 
 		 586 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007498  Pcar_1890  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 574 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000386066  n/a   
 
 
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NC_009675  Anae109_1327  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  38.21 
 
 		 599 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
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NC_013216  Dtox_2289  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.04 
 
 		 907 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.322971  hitchhiker  0.00000129081 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1082  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.14 
 
 		 569 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.57 
 
 		 568 aa  270  7e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.76607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1465  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  30.23 
 
 		 811 aa  268  1e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0172153  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2614  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.37 
 
 		 578 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1795  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.43 
 
 		 568 aa  269  1e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3712  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  34.72 
 
 		 572 aa  269  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1208  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.62 
 
 		 732 aa  268  2e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3025  ssDNA exonuclease RecJ  36.38 
 
 		 577 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3218  ssDNA exonuclease RecJ  36.09 
 
 		 577 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001509  ECD_02724  ssDNA exonuclease, 5' -> 3'-specific  36.09 
 
 		 577 aa  267  4e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0329903  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02687  hypothetical protein  36.09 
 
 		 577 aa  267  4e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0479122  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3312  ssDNA exonuclease RecJ  36.09 
 
 		 577 aa  267  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0800  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  266  8.999999999999999e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000133644  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3463  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.05 
 
 		 573 aa  266  8.999999999999999e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0980529  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0817  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4183  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  266  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0937  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.5 
 
 		 788 aa  264  4e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3051  ssDNA exonuclease RecJ  35.92 
 
 		 577 aa  264  4e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0731  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  33.39 
 
 		 885 aa  263  6e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000934537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1395  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  36.78 
 
 		 571 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3376  exonuclease RecJ  37.43 
 
 		 569 aa  263  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.593595 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2838  RecJ exonuclease  36.63 
 
 		 566 aa  262  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.934115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02825  single-stranded-DNA-specific exonuclease recJ  30.77 
 
 		 568 aa  262  1e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.274504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16220  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.02 
 
 		 571 aa  262  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1035  exonuclease RecJ  35.89 
 
 		 569 aa  261  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3424  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  37.17 
 
 		 576 aa  261  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.297966  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0590  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  32.45 
 
 		 568 aa  261  3e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.50334  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3668  single-strand DNA specific exonuclease  30.21 
 
 		 574 aa  261  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4073  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  30.55 
 
 		 864 aa  261  3e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00138727  n/a   
 
 
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NC_010730  SYO3AOP1_1057  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  31.91 
 
 		 574 aa  260  4e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1474  single-strand DNA-specific exonuclease  34.05 
 
 		 573 aa  261  4e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007760  Adeh_2536  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.35 
 
 		 564 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.962109  n/a   
 
 
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NC_011891  A2cp1_1415  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  39.71 
 
 		 573 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B3198  ssDNA exonuclease RecJ  35.58 
 
 		 577 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0618  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.54 
 
 		 574 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007347  Reut_A1074  exonuclease RecJ  36.09 
 
 		 565 aa  258  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0444947  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_4050  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  30.36 
 
 		 570 aa  258  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000178442 
 
 
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NC_009727  CBUD_1569  single-stranded-DNA-specific exonuclease  35.37 
 
 		 574 aa  258  2e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.160712  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A3276  ssDNA exonuclease RecJ  35.58 
 
 		 577 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013501  Rmar_2564  single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ  35.21 
 
 		 587 aa  258  2e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A3210  ssDNA exonuclease RecJ  35.58 
 
 		 577 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.398907 
 
 
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