More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1656 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1656  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
185 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.104022  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02709  RNA polymerase sigma factor  65.41 
 
 
185 aa  256  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2175  RNA polymerase sigma factor  66.13 
 
 
187 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.235427  normal  0.0685717 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1400  RNA polymerase sigma factor  65.41 
 
 
187 aa  234  7e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.255306  hitchhiker  0.00000139495 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2863  RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
187 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.416689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1590  RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
187 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000165797  unclonable  0.00000000000274518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2788  RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
189 aa  234  8e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00167883  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2768  RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
187 aa  233  8e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0121826  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1465  RNA polymerase sigma factor  64.32 
 
 
187 aa  231  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291082  hitchhiker  0.00185195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3165  RNA polymerase sigma factor  65.5 
 
 
171 aa  230  7.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2467  RNA polymerase sigma factor  63.59 
 
 
187 aa  229  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39138  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1453  RNA polymerase sigma factor  63.78 
 
 
187 aa  230  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000486459 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2433  RNA polymerase sigma factor  61.96 
 
 
187 aa  226  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0111357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3096  RNA polymerase sigma factor  62.16 
 
 
187 aa  225  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03122  RNA polymerase sigma factor  61.88 
 
 
197 aa  224  7e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2684  RNA polymerase sigma factor  61.62 
 
 
187 aa  223  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0327308  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2606  RNA polymerase sigma factor  62.3 
 
 
187 aa  221  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.167872  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1621  RNA polymerase sigma factor  62.71 
 
 
187 aa  220  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0123754  hitchhiker  0.00000300088 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1522  RNA polymerase sigma factor  60.22 
 
 
187 aa  220  8e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002854  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  64.5 
 
 
168 aa  220  9e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3034  RNA polymerase sigma factor  59.56 
 
 
191 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00396437  normal  0.0353116 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0563  RNA polymerase sigma factor  61.62 
 
 
188 aa  214  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0946  RNA polymerase sigma factor  54.8 
 
 
188 aa  194  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.49056 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1771  RNA polymerase sigma factor  56.77 
 
 
174 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001038  RNA polymerase sigma-70 factor ECF subfamily  52.6 
 
 
161 aa  164  9e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2303  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.16 
 
 
186 aa  84.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0738173  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0765  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
209 aa  79.3  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0562  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
187 aa  79  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0037  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.08 
 
 
190 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.357232  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2152  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.02 
 
 
209 aa  76.3  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  33.33 
 
 
200 aa  76.3  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0868  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.77 
 
 
209 aa  75.9  0.0000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.709004  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1272  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.34 
 
 
186 aa  75.5  0.0000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0325871  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1889  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.75 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0625  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.83 
 
 
209 aa  75.1  0.0000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1647  sigma-24 (FecI-like)  34.55 
 
 
541 aa  74.7  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6203  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1876  RNA polymerase sigma factor  31.72 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1702  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.82 
 
 
211 aa  74.7  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000456019 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1899  RNA polymerase sigma factor  33.14 
 
 
213 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.606466  hitchhiker  0.000000620575 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.92 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5176  RNA polymerase sigma factor  32.76 
 
 
213 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  29.66 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  28.9 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3479  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0164262  hitchhiker  0.00700912 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3432  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.93 
 
 
220 aa  71.6  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.599905  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2674  RNA polymerase sigma factor  31.36 
 
 
216 aa  72  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0537679  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3011  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307817 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.08 
 
 
191 aa  70.9  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3845  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.5 
 
 
185 aa  70.9  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00095099  decreased coverage  0.00000359528 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2248  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.647774  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0709  RNA polymerase sigma factor  28.19 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.52 
 
 
177 aa  70.5  0.00000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0016  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000257028  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0089  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.53 
 
 
215 aa  69.7  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4668  RNA polymerase sigma factor  28.86 
 
 
203 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.488765  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0008  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.21 
 
 
172 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343199  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.52 
 
 
195 aa  69.7  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2022  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80309  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1918  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.07 
 
 
191 aa  69.3  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  32.19 
 
 
183 aa  69.3  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1471  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.11 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000133791  normal  0.688879 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0601  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.07 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.04 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0163873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0093  RNA polymerase sigma factor  28.3 
 
 
203 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0456  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  32.92 
 
 
192 aa  68.6  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.418666  normal  0.546035 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2125  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.65 
 
 
205 aa  68.2  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.726167  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3014  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  30.99 
 
 
211 aa  68.2  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  0.939252 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1784  RNA polymerase sigma factor  30 
 
 
244 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181738  normal  0.484528 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  31.85 
 
 
240 aa  68.2  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5278  RNA polymerase sigma factor  28.19 
 
 
203 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3891  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.71 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.611109  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.3 
 
 
177 aa  67.8  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
200 aa  67.8  0.00000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2522  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.3 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.23 
 
 
189 aa  67.8  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.68 
 
 
199 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3197  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
173 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000871623  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  27.08 
 
 
182 aa  67.4  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1049  RNA polymerase sigma factor SigL  31.69 
 
 
166 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.68 
 
 
199 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1065  RNA polymerase sigma factor SigL  31.69 
 
 
166 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.279523 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0759  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.73 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.97 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2573  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.39 
 
 
161 aa  66.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.817298 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  30.36 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.85 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.45 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0582871  normal  0.0116011 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2681  sigma factor, RpoE  30.68 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0071  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  35 
 
 
171 aa  67  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25900  RNA polymerase, sigma 29 subunit, SigE  30.11 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.933402 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1915  RNA polymerase sigma factor  30.32 
 
 
189 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.35016  normal  0.588155 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2659  RNA polymerase sigma factor  29.68 
 
 
189 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1339  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.68 
 
 
168 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0599  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.61 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2090  sigma-70 region 2 domain-containing protein  32.3 
 
 
187 aa  66.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4377  RNA polymerase sigma factor  29.53 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0213  RNA polymerase sigma factor  29.76 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>