More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2004 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 346 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  97.1 
 
 		 352 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  91.57 
 
 		 346 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  86.34 
 
 		 361 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  74.04 
 
 		 346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  71.98 
 
 		 346 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  71.98 
 
 		 341 aa  488  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 357 aa  472  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  68.31 
 
 		 345 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  68.14 
 
 		 340 aa  455  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 359 aa  262  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  40.39 
 
 		 360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  39.53 
 
 		 348 aa  229  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 353 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.82 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 353 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 364 aa  123  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 344 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 339 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 342 aa  119  6e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 347 aa  119  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 359 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  29.66 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25.08 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 333 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  28.44 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.77 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 333 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  28.07 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 344 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 372 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 341 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  27.78 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 366 aa  106  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 382 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  27.16 
 
 		 345 aa  106  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 366 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 336 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 364 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4663  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 347 aa  102  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150024 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 350 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  28.16 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 198 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 356 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 360 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 330 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 369 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 330 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 344 aa  99.4  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  29.01 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 330 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2261  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 366 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  28.12 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 346 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  24.92 
 
 		 343 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 347 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5752  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 366 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 345 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>