162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0148 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0190  hypothetical protein  84.56 
 
 		 407 aa  645    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.613594  normal  0.386647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0148  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 403 aa  791    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0322  extracellular ligand-binding receptor  78.17 
 
 		 400 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0422  extracellular ligand-binding receptor  76.62 
 
 		 399 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0183  hypothetical protein  77.86 
 
 		 415 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0398  extracellular ligand-binding receptor  73.86 
 
 		 399 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0327  extracellular ligand-binding receptor  75.69 
 
 		 399 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19118  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0291  Extracellular ligand-binding receptor  51.4 
 
 		 403 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28159 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0026  Extracellular ligand-binding receptor  54.55 
 
 		 398 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0404  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 		 403 aa  326  5e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.697779  normal  0.706576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3284  extracellular ligand-binding receptor  47.94 
 
 		 425 aa  324  1e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0437  extracellular ligand-binding receptor  50.73 
 
 		 401 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0602967  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0472  extracellular ligand-binding receptor  51.45 
 
 		 399 aa  316  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0023  extracellular ligand-binding receptor  51.88 
 
 		 404 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2940  extracellular ligand-binding receptor  51.76 
 
 		 421 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3584  extracellular ligand-binding receptor  43.47 
 
 		 413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4012  hypothetical protein  41.16 
 
 		 402 aa  236  7e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3012  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  38.06 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3694  hypothetical protein  40.06 
 
 		 408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61828  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3957  hypothetical protein  33.08 
 
 		 400 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0470  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.17 
 
 		 391 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.10614 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0264  extracellular ligand-binding receptor  37.21 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241284  normal  0.379489 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2832  hypothetical protein  33.53 
 
 		 394 aa  169  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0190613  normal  0.571034 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2085  extracellular ligand-binding receptor  34.99 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.137371  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0447  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 394 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.766827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1812  hypothetical protein  35.17 
 
 		 391 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0459  hypothetical protein  35.17 
 
 		 391 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1534  putative lipoprotein-like protein  33.42 
 
 		 402 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.75635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0570  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.82 
 
 		 394 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0898  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  30.03 
 
 		 370 aa  112  9e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3300  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.24 
 
 		 676 aa  97.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464162 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3138  hypothetical protein  29.39 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2581  hypothetical protein  31.61 
 
 		 354 aa  86.3  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0732986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3118  hypothetical protein  40.34 
 
 		 494 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1037  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 		 643 aa  79.7  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000129321  unclonable  0.0000121148 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0105  ABC-type transport systems, periplasmic component  24.46 
 
 		 627 aa  75.5  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 383 aa  72.8  0.000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.76 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 383 aa  69.7  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 451 aa  66.2  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0295  extracellular ligand-binding receptor  27.23 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00215274  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 449 aa  57.4  0.0000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 		 450 aa  57.4  0.0000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  21.78 
 
 		 397 aa  57  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2212  LppC family lipoprotein  29.25 
 
 		 621 aa  57  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.228557 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 		 383 aa  57  0.0000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.44 
 
 		 385 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2820  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2102  LppC family lipoprotein  24.26 
 
 		 631 aa  55.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3863  Extracellular ligand-binding receptor  26.44 
 
 		 651 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0863227 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1763  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.17 
 
 		 677 aa  52.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.66 
 
 		 388 aa  52.4  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 399 aa  52.4  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.15 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0316  Putative lipoprotein-like protein  25.6 
 
 		 612 aa  52.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.915463  hitchhiker  0.000474295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0143  lipoprotein, putative  25.6 
 
 		 612 aa  52.4  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 		 376 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 		 376 aa  51.2  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 		 447 aa  51.6  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 382 aa  51.6  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0551  LppC family lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.551185  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03014  hypothetical protein  24.48 
 
 		 678 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0558  LppC family lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3442  putative lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  50.8  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 		 392 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3619  LppC family protein  27.07 
 
 		 680 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02965  hypothetical protein  24.48 
 
 		 678 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3522  LppC superfamily  27.07 
 
 		 680 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.173213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3584  LppC family lipoprotein  27.07 
 
 		 704 aa  50.4  0.00005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.129912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3339  putative lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  50.4  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3453  LppC superfamily  27.07 
 
 		 680 aa  50.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 392 aa  50.1  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3625  putative lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 372 aa  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4466  putative lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0185  putative lipoprotein  29.09 
 
 		 625 aa  49.7  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 370 aa  49.7  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  21.37 
 
 		 373 aa  49.3  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0356  LppC putative lipoprotein  28.32 
 
 		 629 aa  49.7  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 		 390 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 		 392 aa  49.7  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3559  LppC superfamily  26.32 
 
 		 680 aa  48.9  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 369 aa  49.3  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3451  LppC superfamily  26.32 
 
 		 680 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4419  lipoprotein, putative  25.44 
 
 		 604 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0598181  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 377 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  23.22 
 
 		 373 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3629  putative lipoprotein  24.48 
 
 		 678 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 		 382 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3066  hypothetical protein  30.36 
 
 		 603 aa  47.8  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2923  hypothetical protein  29.46 
 
 		 603 aa  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 382 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 383 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25 
 
 		 382 aa  47.8  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>