More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_8528 on replicon NC_011892
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  84.56 
 
 		 298 aa  522  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  83.89 
 
 		 317 aa  518  1e-146  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  87.58 
 
 		 298 aa  513  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 332 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  44.14 
 
 		 324 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  39.66 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 295 aa  198  7e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 319 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 318 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 303 aa  189  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 291 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 329 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 316 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.61 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 317 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 315 aa  178  8e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  175  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 319 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  175  9e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 323 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  35.69 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  34.06 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 293 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  32.76 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 295 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2152  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 291 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.03 
 
 		 293 aa  142  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5828  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0193109  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3792  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906845  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>