294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3778 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3778  response regulator receiver  100 
 
 		 129 aa  249  7e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0998176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4072  response regulator receiver protein  100 
 
 		 129 aa  249  7e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4034  response regulator receiver protein  93.8 
 
 		 129 aa  235  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  65.04 
 
 		 130 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1503  response regulator receiver protein  58.4 
 
 		 130 aa  134  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156189  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0675  response regulator receiver protein  60 
 
 		 129 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7092  response regulator receiver protein  57.14 
 
 		 196 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08524  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6212  response regulator receiver protein  53.98 
 
 		 177 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392664  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5605  response regulator receiver protein  55.08 
 
 		 198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.469743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2557  response regulator receiver  51.28 
 
 		 194 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2780  response regulator receiver protein  50.43 
 
 		 173 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2488  response regulator receiver protein  49.12 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365206  normal  0.13004 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0091  response regulator receiver protein  47.37 
 
 		 124 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.589534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0073  response regulator receiver protein  51.3 
 
 		 128 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6764  putative two-component response regulator  40 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.252754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7165  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272897  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  38.74 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  34.43 
 
 		 126 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6328  response regulator receiver protein  39.68 
 
 		 141 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  37.96 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  39.81 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  39.17 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  37.39 
 
 		 126 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  35.4 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  31.45 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 130 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  38.26 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  35.85 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  38.05 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  35.85 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5228  response regulator receiver protein  35.92 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0214459  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  37.4 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  37.07 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  36.36 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  33.01 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  36.21 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4092  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0144  hypothetical protein  38.89 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  31 
 
 		 120 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  33.98 
 
 		 124 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2499  response regulator receiver protein  34.95 
 
 		 136 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 		 688 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  33 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 132 aa  56.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  30 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 130 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3962  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 495 aa  55.1  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  28.16 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  33.91 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0775  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0313977 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 457 aa  53.9  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  26.67 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 135 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1226  response regulator receiver protein  28 
 
 		 150 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915128  normal  0.471544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0851  response regulator receiver  36.11 
 
 		 132 aa  52  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2991  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 138 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  30.1 
 
 		 125 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2794  response regulator receiver protein  33.01 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  32.35 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6937  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0671376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4296  response regulator receiver  29.7 
 
 		 115 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  30.19 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0810  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 132 aa  52  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.316292 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  28.97 
 
 		 182 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2012  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 484 aa  51.6  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  28.3 
 
 		 122 aa  50.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.06 
 
 		 983 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  33.33 
 
 		 1005 aa  50.8  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1099  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.53 
 
 		 225 aa  50.8  0.000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 1036 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3364  hydrogenase accessory protein HypB  34.19 
 
 		 492 aa  50.4  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.224656 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2803  response regulator receiver domain-containing protein  36.79 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.233301  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 867 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0314  response regulator receiver protein  31.73 
 
 		 127 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 		 662 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  27.36 
 
 		 122 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6741  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 728 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  31.87 
 
 		 1036 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1956  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 486 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.696783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2808  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 482 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 686 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21073  normal  0.829403 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2898  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.19582  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 133 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  33.75 
 
 		 1427 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 822 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>