More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0923 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0923  response regulator receiver protein  100 
 
 		 279 aa  560  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3686  response regulator  37.35 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2399  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 121 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.732485 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3190  twitching motility, CheY-like protein  34.17 
 
 		 141 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1538  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  35.54 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 643 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 643 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0131  response regulator receiver  33.05 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2508  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.31 
 
 		 784 aa  66.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.033945 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0515  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.163432  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0523  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 309 aa  65.5  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3633  response regulator receiver domain-containing protein  31.62 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 643 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2626  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3688  response regulator receiver protein  35 
 
 		 133 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478813  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3968  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 125 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.74 
 
 		 457 aa  63.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  29.32 
 
 		 763 aa  63.9  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0522  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 125 aa  63.5  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2622  response regulator receiver  29.17 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0537  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3763  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 121 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1924  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.399122 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2903  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.629195  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1074  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.89 
 
 		 433 aa  62.8  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.708962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1257  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 230 aa  62  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.621627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2599  phosphate regulon transcriptional regulator, PhoR  34.17 
 
 		 230 aa  62  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  34.23 
 
 		 457 aa  62  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2377  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 1124 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.506766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.62 
 
 		 929 aa  61.6  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3776  response regulator receiver domain-containing protein  28.69 
 
 		 120 aa  61.6  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.143561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0907  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401363  normal  0.40647 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0907  CheA signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 		 911 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0908129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0670  response regulator receiver domain-containing protein  29.66 
 
 		 122 aa  61.6  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00691443  normal  0.823575 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 876 aa  61.6  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.68 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.76 
 
 		 933 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0748  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 123 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.390262  normal  0.11236 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4325  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.974523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 457 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0059  response regulator receiver domain-containing protein  30.43 
 
 		 125 aa  60.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.157498  normal  0.212271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  32.43 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.77 
 
 		 488 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  34.23 
 
 		 457 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0780  DNA-binding response regulator  31.2 
 
 		 225 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  35.48 
 
 		 932 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0618  DNA-binding response regulator  29.46 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0563  response regulator  29.46 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2174  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.634157  normal  0.649523 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3739  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.84 
 
 		 523 aa  60.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.433453  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0651  DNA-binding response regulator  29.46 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4465  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 		 437 aa  60.5  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.62 
 
 		 937 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  32.17 
 
 		 676 aa  60.8  0.00000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0562  response regulator  29.46 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2551  response regulator receiver domain-containing protein  32.43 
 
 		 121 aa  60.1  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0223  response regulator receiver protein  29.92 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 457 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0708  DNA-binding response regulator  29.46 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.675964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3604  putative PAS/PAC sensor protein  28.78 
 
 		 619 aa  60.1  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.562878 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0902  response regulator receiver protein  33.63 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1933  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 1313 aa  59.7  0.00000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4991  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.353726  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0669  putative twitching motility two-component response regulator transcription regulator protein  28.57 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0561  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.718467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0613  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 122 aa  59.3  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.242329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1372  response regulator receiver domain-containing protein  32.14 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0313107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0080  response regulator receiver domain-containing protein  26.79 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1242  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.390656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4865  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321258  normal  0.0275279 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0959  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 372 aa  59.3  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0809  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.09 
 
 		 367 aa  59.3  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2158  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0489  response regulator receiver  28.95 
 
 		 121 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.646514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5308  response regulator receiver domain-containing protein  30.16 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0630269  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1075 aa  59.3  0.00000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0311  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 639 aa  59.3  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  28.29 
 
 		 755 aa  58.9  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5041  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  32.43 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  34.23 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5571  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.91 
 
 		 1218 aa  58.9  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0479  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.27 
 
 		 529 aa  58.9  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.53029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1943  histidine kinase  32.31 
 
 		 647 aa  58.9  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.539019  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.82 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3990  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 666 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 440 aa  58.9  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.53 
 
 		 457 aa  58.9  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4377  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 666 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0719  DNA-binding response regulator  28.57 
 
 		 225 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.9 
 
 		 932 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>