More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2482 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1737  major facilitator superfamily MFS_1  92.7 
 
 		 413 aa  684    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2482  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 417 aa  820    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  64.07 
 
 		 428 aa  483  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0557  major facilitator superfamily MFS_1  60.67 
 
 		 415 aa  441  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0349703  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2332  major facilitator transporter  64.12 
 
 		 410 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2580  major facilitator transporter  28.16 
 
 		 398 aa  145  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0171602  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  24.55 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  28.97 
 
 		 394 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  28.26 
 
 		 411 aa  90.5  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  26.34 
 
 		 430 aa  87.4  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  27.21 
 
 		 420 aa  87.4  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0515  major facilitator superfamily MFS_1  26.3 
 
 		 399 aa  86.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  27.66 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1883  major facilitator superfamily MFS_1  24.23 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  24.01 
 
 		 403 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2878  major facilitator transporter  26.75 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.124672 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2585  twin-arginine translocation pathway signal  27.12 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0520  major facilitator transporter  27.12 
 
 		 423 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 398 aa  79.7  0.00000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0905  major facilitator superfamily MFS_1  24.71 
 
 		 368 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  24.41 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0492  major facilitator transporter  26.5 
 
 		 422 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1590  major facilitator transporter  26.4 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0171149  normal  0.72938 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  28.53 
 
 		 415 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0038  major facilitator transporter  27.81 
 
 		 432 aa  76.6  0.0000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  28.53 
 
 		 405 aa  76.3  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0450  major facilitator transporter  25.24 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  0.0410928 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0513  MFS permease  26.16 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.773198  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  23.94 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  27.01 
 
 		 395 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3546  major facilitator superfamily MFS_1  25.36 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  26.86 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2474  hypothetical protein  24.01 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  26.57 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2623  hypothetical protein  24.01 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3632  major facilitator superfamily MFS_1  25.32 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3406  major facilitator transporter  24.59 
 
 		 408 aa  70.9  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.913918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  23.78 
 
 		 457 aa  70.1  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3364  major facilitator transporter  24.87 
 
 		 412 aa  70.1  0.00000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 408 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2746  putative oxalate:formate antiporter  25.74 
 
 		 402 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000311684  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  26.29 
 
 		 399 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0080  major facilitator transporter  24 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.163505  hitchhiker  0.00273826 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  27.37 
 
 		 416 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0835  major facilitator transporter  24.37 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.65824  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1234  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.14776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5090  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.778625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8502  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 388 aa  67.8  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08080  arabinose efflux permease family protein  23.53 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3925  major facilitator transporter  24.29 
 
 		 445 aa  67.8  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362735 
 
 
-
 
NC_002620  TC0831  GlpT/PgpT/UhpT family protein  24.51 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.571145  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  24.75 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3607  major facilitator transporter  24.64 
 
 		 439 aa  67  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2495  oxalate:formate antiporter  25.74 
 
 		 402 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.116022  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2456  oxalate/formate antiporter (permease)  25.47 
 
 		 402 aa  67  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.001991  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2680  oxalate:formate antiporter  25.74 
 
 		 402 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0334  major facilitator superfamily MFS_1  26.7 
 
 		 395 aa  66.6  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0134  regulatory protein UhpC  25.25 
 
 		 443 aa  66.6  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1033  major facilitator transporter  29.52 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2718  oxalate:formate antiporter, putative  25.2 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00584048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2695  putative oxalate:formate antiporter  25.74 
 
 		 402 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000183174 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1951  major facilitator superfamily transporter  25.93 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  25.26 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  27.62 
 
 		 404 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  27.37 
 
 		 394 aa  66.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2703  putative oxalate:formate antiporter  24.93 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5732  major facilitator superfamily MFS_1  23.92 
 
 		 401 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.495479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0235  major facilitator transporter  26.75 
 
 		 378 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000297  oxalate/formate antiporter  25.21 
 
 		 412 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000377663  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2607  putative oxalate:formate antiporter  24.93 
 
 		 402 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000121238 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3053  sugar phosphate permease-like  25.11 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.32352  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  28.65 
 
 		 394 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  27.16 
 
 		 434 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0393  major facilitator transporter  26.23 
 
 		 421 aa  64.7  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.464327  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2373  MFS family transporter  29.08 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.098036  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  25.06 
 
 		 435 aa  64.3  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0624  regulatory protein UhpC  22.22 
 
 		 436 aa  64.3  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0426  major facilitator transporter  25.77 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  27.45 
 
 		 394 aa  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3192  major facilitator transporter  26.88 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.1684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0083  regulatory protein UhpC  24.9 
 
 		 443 aa  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.644662  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5344  major facilitator transporter  26.25 
 
 		 415 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0908766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4078  regulatory protein UhpC  24.9 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  26.56 
 
 		 405 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4130  regulatory protein UhpC  24.9 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.543128  normal  0.246836 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  23.65 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2603  major facilitator superfamily MFS_1  26.55 
 
 		 437 aa  63.2  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  25.49 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000089  hexose phosphate uptake regulatory protein UhpC  24.28 
 
 		 446 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2547  regulatory protein UhpC  24.74 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0466951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2344  regulatory protein UhpC  24.74 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.209168  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0680  major facilitator family transporter  25.93 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2389  regulatory protein UhpC  24.74 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.365654 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1497  transporter, MFS superfamily  25.93 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2437  regulatory protein UhpC  24.74 
 
 		 440 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  26.26 
 
 		 395 aa  62.4  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1296  major facilitator transporter  26.93 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2433  regulatory protein UhpC  24.74 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.186527 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3154  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.328617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>