139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0489 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  100 
 
 		 394 aa  750    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0334  major facilitator superfamily MFS_1  89.62 
 
 		 395 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  85.82 
 
 		 395 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  69.52 
 
 		 398 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0241  major facilitator transporter  70.15 
 
 		 393 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.616236  normal  0.0363881 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  65.36 
 
 		 399 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  48.68 
 
 		 411 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2826  major facilitator superfamily MFS_1  40.21 
 
 		 380 aa  206  4e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.160845 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2883  major facilitator transporter  35.64 
 
 		 391 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000788215 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  36.5 
 
 		 443 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  38.07 
 
 		 416 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  37.17 
 
 		 415 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  36.22 
 
 		 408 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  37.87 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5090  major facilitator transporter  37.7 
 
 		 416 aa  186  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.778625 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5344  major facilitator transporter  36.66 
 
 		 415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0908766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3514  major facilitator transporter  35.39 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.747582  normal  0.0415191 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1033  major facilitator transporter  37.82 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2373  MFS family transporter  37.82 
 
 		 389 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.098036  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8502  major facilitator transporter  35.09 
 
 		 388 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  29.06 
 
 		 397 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 403 aa  103  7e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  28.23 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  25.46 
 
 		 395 aa  100  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  29.78 
 
 		 404 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  30.22 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  30.66 
 
 		 400 aa  93.6  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  29.44 
 
 		 400 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  31.08 
 
 		 392 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2482  major facilitator superfamily MFS_1  28.97 
 
 		 417 aa  87.8  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  28.14 
 
 		 405 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  28.91 
 
 		 428 aa  87.4  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  31.67 
 
 		 392 aa  87.4  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  31.87 
 
 		 392 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  30.79 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  30.79 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  30.79 
 
 		 392 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  31.59 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  29.38 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  30.68 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  30.68 
 
 		 392 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  28.84 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2580  major facilitator transporter  23.42 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0171602  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  28.34 
 
 		 406 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  29.72 
 
 		 359 aa  79.7  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  27.76 
 
 		 394 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  27.09 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0557  major facilitator superfamily MFS_1  28.83 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0349703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  30.39 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  28.86 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  28.28 
 
 		 408 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2332  major facilitator transporter  29.36 
 
 		 410 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  26.8 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  26.25 
 
 		 433 aa  75.5  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  29.33 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  30.54 
 
 		 408 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  25.76 
 
 		 428 aa  73.2  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  26.74 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1737  major facilitator superfamily MFS_1  25.58 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4528  major facilitator transporter  25.94 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0330  major facilitator superfamily MFS_1  29.62 
 
 		 394 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.422618  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1213  major facilitator transporter  28.28 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  29.1 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  28.61 
 
 		 417 aa  67  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33770  hypothetical protein  29.12 
 
 		 408 aa  67  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.756882  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0308  hypothetical protein  28.73 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  26.61 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  27.03 
 
 		 394 aa  66.2  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  27.63 
 
 		 374 aa  66.2  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  26.76 
 
 		 394 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  24.24 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  26.76 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1953  hypothetical protein  27.31 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  26.76 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  29.41 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0445  major facilitator transporter  29.46 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  27.46 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  30.13 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  28.87 
 
 		 420 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  24.14 
 
 		 395 aa  61.6  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  26.88 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  28.62 
 
 		 413 aa  60.5  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  26.29 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  28.61 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  28.61 
 
 		 439 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  24.14 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7234  major facilitator superfamily MFS_1  30.5 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5732  major facilitator superfamily MFS_1  28.19 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.495479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  28.38 
 
 		 404 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  30.29 
 
 		 504 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  26.91 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3798  major facilitator transporter  25.92 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000146089 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  27.67 
 
 		 409 aa  54.7  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  28.07 
 
 		 404 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  29.74 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  28.23 
 
 		 422 aa  53.5  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  28.17 
 
 		 422 aa  53.1  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  28.29 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>