142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1585 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  100 
 
 		 403 aa  808    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  47.27 
 
 		 397 aa  358  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  44.3 
 
 		 397 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  49.32 
 
 		 400 aa  340  2e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  44.86 
 
 		 394 aa  308  8e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  42.74 
 
 		 405 aa  301  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  34.02 
 
 		 395 aa  226  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  34.31 
 
 		 389 aa  225  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  29.27 
 
 		 398 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  27.81 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  28.32 
 
 		 428 aa  133  6e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  27.07 
 
 		 433 aa  127  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0308  hypothetical protein  31.12 
 
 		 397 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0330  major facilitator superfamily MFS_1  31.3 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.422618  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  28.57 
 
 		 404 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  28.33 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  28.38 
 
 		 404 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  27.79 
 
 		 394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  25.53 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  27.79 
 
 		 394 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  25.63 
 
 		 392 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  28.34 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  29.7 
 
 		 408 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  27.32 
 
 		 421 aa  110  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  28.45 
 
 		 392 aa  110  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  24.51 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  28.45 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  26.39 
 
 		 423 aa  107  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  28.17 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  28.37 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  28.37 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  28.37 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  27.66 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  31.58 
 
 		 374 aa  103  6e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  27.55 
 
 		 394 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  27.25 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  28.17 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  26.7 
 
 		 402 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  27.37 
 
 		 411 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  28.69 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  26.68 
 
 		 398 aa  98.6  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  28.25 
 
 		 395 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  25.41 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0319  major facilitator superfamily MFS_1  36.36 
 
 		 402 aa  95.1  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0621236  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  26.39 
 
 		 404 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  28.41 
 
 		 392 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  28.41 
 
 		 392 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 385 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  24.87 
 
 		 409 aa  92.8  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  25.27 
 
 		 408 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  24.93 
 
 		 413 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  25.2 
 
 		 420 aa  90.1  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  25.2 
 
 		 439 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  25.77 
 
 		 420 aa  89.7  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  24.2 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  29.92 
 
 		 422 aa  87.4  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  23.32 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  24.37 
 
 		 395 aa  86.3  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  30.15 
 
 		 422 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  25.49 
 
 		 399 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  24.37 
 
 		 395 aa  85.5  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  28.15 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  28.15 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  28.15 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  30.29 
 
 		 427 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  27.86 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  28.98 
 
 		 416 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  27.35 
 
 		 405 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1033  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  28.86 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0241  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 393 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.616236  normal  0.0363881 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2482  major facilitator superfamily MFS_1  24.01 
 
 		 417 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  27.49 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  23.86 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2373  MFS family transporter  26.12 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.098036  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0334  major facilitator superfamily MFS_1  27.51 
 
 		 395 aa  77.4  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  23.58 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  24.12 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  26.32 
 
 		 388 aa  77  0.0000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  27.7 
 
 		 406 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2883  major facilitator transporter  25.19 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000788215 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5344  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0908766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  27.2 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  26.47 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2826  major facilitator superfamily MFS_1  26.05 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.160845 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  23.14 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  27.89 
 
 		 443 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  25.21 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2580  major facilitator transporter  22.97 
 
 		 398 aa  72  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0171602  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45070  hypothetical protein  25.76 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1639  major facilitator superfamily permease  30.38 
 
 		 537 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  23.63 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3514  major facilitator transporter  28.29 
 
 		 415 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.747582  normal  0.0415191 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  21.78 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1818  hypothetical protein  29.75 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.628043  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  25.07 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1425  hypothetical protein  29.75 
 
 		 238 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0453  hypothetical protein  29.75 
 
 		 238 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0707  hypothetical protein  29.75 
 
 		 238 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.445459  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1662  major facilitator superfamily permease  29.75 
 
 		 546 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>