73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0235 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0235  major facilitator transporter  100 
 
 		 378 aa  701    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0040  major facilitator transporter  49.33 
 
 		 394 aa  271  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08080  arabinose efflux permease family protein  42.36 
 
 		 398 aa  226  5.0000000000000005e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0393  major facilitator transporter  37.02 
 
 		 421 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.464327  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0515  major facilitator superfamily MFS_1  33.53 
 
 		 399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3879  major facilitator superfamily MFS_1  36.36 
 
 		 420 aa  129  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.239136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2447  major facilitator superfamily transporter  31.14 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.118578  normal  0.46629 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2441  major facilitator transporter  31.14 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2400  major facilitator transporter  31.14 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4528  major facilitator transporter  34.38 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2482  major facilitator superfamily MFS_1  32.82 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2580  major facilitator transporter  26.87 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0171602  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1737  major facilitator superfamily MFS_1  30.53 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  29.74 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7483  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0557  major facilitator superfamily MFS_1  28.8 
 
 		 415 aa  56.2  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0349703  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1514  major facilitator superfamily MFS_1  25.95 
 
 		 393 aa  53.9  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5732  major facilitator superfamily MFS_1  24.52 
 
 		 401 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.495479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0450  major facilitator transporter  31.36 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0280887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41890  MFS family sugar transporter  23.57 
 
 		 449 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  29.46 
 
 		 382 aa  50.8  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1823  major facilitator transporter  30.67 
 
 		 442 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  28.15 
 
 		 399 aa  50.4  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5072  major facilitator family transporter  26.35 
 
 		 425 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  25.51 
 
 		 383 aa  49.7  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2332  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2630  major facilitator transporter  34.27 
 
 		 425 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4945  major facilitator transporter  27.01 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.395119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2715  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  29.33 
 
 		 429 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.618209 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4451  major facilitator transporter  27.92 
 
 		 402 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.915935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  23.84 
 
 		 395 aa  47.4  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  28.99 
 
 		 426 aa  47.4  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1655  membrane transport protein  24.23 
 
 		 428 aa  46.6  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5122  major facilitator transporter  26.35 
 
 		 414 aa  47  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2910  major facilitator superfamily MFS_1  28.21 
 
 		 397 aa  47  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333909  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  25.71 
 
 		 394 aa  46.6  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1793  membrane transport protein  26.67 
 
 		 428 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.626262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1627  membrane transport protein  26.67 
 
 		 428 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1714  membrane transport protein  26.67 
 
 		 428 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7272  major facilitator transporter  30.61 
 
 		 437 aa  46.6  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3530  major facilitator superfamily transporter 4- hydroxybenzoate transporter  28.97 
 
 		 464 aa  46.2  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.244381  normal  0.102712 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1467  major facilitator superfamily MFS_1  29.61 
 
 		 443 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2518  major facilitator transporter  28.41 
 
 		 437 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2280  major facilitator superfamily MFS_1  27.05 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.975633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  30.04 
 
 		 416 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0394  major facilitator transporter  26.35 
 
 		 414 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4410  major facilitator superfamily MFS_1  28.71 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0030  major facilitator transporter  29.1 
 
 		 402 aa  45.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.63894  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0911  major facilitator superfamily permease  26.4 
 
 		 388 aa  44.7  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000338401  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2190  major facilitator transporter  24.65 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.637684  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1480  major facilitator transporter  25.33 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1647  membrane transport protein  26.11 
 
 		 428 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3084  major facilitator superfamily MFS_1  34.43 
 
 		 415 aa  44.3  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.11728  normal  0.436987 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1840  major facilitator transporter  28.66 
 
 		 403 aa  44.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5722  major facilitator superfamily MFS_1  29.73 
 
 		 433 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.731406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  28.52 
 
 		 385 aa  44.7  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1776  arabinose efflux permease  25.18 
 
 		 396 aa  44.3  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0105675  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1955  major facilitator superfamily MFS_1  27.01 
 
 		 393 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.135687  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  26.27 
 
 		 419 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5951  major facilitator transporter  28.33 
 
 		 392 aa  43.5  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  27.38 
 
 		 395 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2564  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 450 aa  43.5  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6076  major facilitator transporter  28.81 
 
 		 416 aa  43.5  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  29.2 
 
 		 405 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4890  major facilitator superfamily transporter  27.38 
 
 		 403 aa  43.1  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  27.06 
 
 		 394 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3001  major facilitator transporter  26.2 
 
 		 432 aa  43.1  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  27.59 
 
 		 413 aa  43.1  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  29.57 
 
 		 411 aa  43.1  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  30.53 
 
 		 394 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26060  sugar phosphate permease  23.42 
 
 		 445 aa  42.7  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0578  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 407 aa  42.7  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  26.51 
 
 		 404 aa  42.7  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>