132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4306 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  100 
 
 		 413 aa  808    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0445  major facilitator transporter  66.75 
 
 		 408 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7234  major facilitator superfamily MFS_1  66.58 
 
 		 411 aa  502  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  65.69 
 
 		 409 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  53.39 
 
 		 395 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1953  hypothetical protein  56.67 
 
 		 406 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  54.22 
 
 		 404 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  52.91 
 
 		 405 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33770  hypothetical protein  55.37 
 
 		 408 aa  336  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.756882  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  33.33 
 
 		 406 aa  214  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  34.56 
 
 		 395 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1213  major facilitator transporter  37.64 
 
 		 398 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451147 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  26.76 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  26.1 
 
 		 428 aa  85.9  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  29.49 
 
 		 408 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  29.27 
 
 		 400 aa  79.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  30.07 
 
 		 359 aa  78.2  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  25.43 
 
 		 433 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  29.52 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  25.53 
 
 		 400 aa  72  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  26.99 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  25.83 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  25.37 
 
 		 388 aa  68.2  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  24.07 
 
 		 395 aa  67  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  25.94 
 
 		 389 aa  67  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  31.88 
 
 		 385 aa  66.2  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  32.34 
 
 		 383 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  28.93 
 
 		 404 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  25.95 
 
 		 423 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  32.34 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  30.3 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  28.48 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  29.01 
 
 		 386 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  28.48 
 
 		 392 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  28.14 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  22.68 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  27.71 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  26.41 
 
 		 402 aa  58.9  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  28.15 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  28.61 
 
 		 394 aa  58.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  29.46 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  27.57 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  29.47 
 
 		 417 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  28.8 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2826  major facilitator superfamily MFS_1  32.34 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.160845 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  32.8 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  26.84 
 
 		 422 aa  56.6  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  28.26 
 
 		 392 aa  56.2  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  26.42 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  27.35 
 
 		 398 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  33.09 
 
 		 392 aa  55.8  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  28.26 
 
 		 392 aa  56.2  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  29.47 
 
 		 408 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  29.82 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  29.12 
 
 		 395 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0557  major facilitator superfamily MFS_1  26.27 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0349703  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0706  major facilitator family transporter  25.52 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.233996  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  28.88 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  28.88 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  30.17 
 
 		 394 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  28.88 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0340  major facilitator transporter  19.58 
 
 		 436 aa  53.9  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  30.06 
 
 		 394 aa  53.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 394 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  30.17 
 
 		 394 aa  53.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 392 aa  53.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  34.78 
 
 		 394 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  29.12 
 
 		 393 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  26.06 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  24.18 
 
 		 395 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  25.41 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2483  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.53 
 
 		 504 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.35671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  29.34 
 
 		 390 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  29.45 
 
 		 413 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  34.06 
 
 		 394 aa  50.4  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  28.11 
 
 		 402 aa  50.4  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  29.61 
 
 		 394 aa  50.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  27.69 
 
 		 399 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  27.63 
 
 		 443 aa  49.7  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 416 aa  49.7  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  31.43 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2482  major facilitator superfamily MFS_1  26.58 
 
 		 417 aa  49.7  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  30.41 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  30.94 
 
 		 401 aa  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  30.73 
 
 		 390 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  30.88 
 
 		 405 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  31.74 
 
 		 420 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  27.03 
 
 		 416 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2690  major facilitator transporter  29.19 
 
 		 455 aa  47  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5090  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 416 aa  47  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.778625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3370  major facilitator transporter  27.91 
 
 		 453 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.278479  normal  0.891983 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  31.47 
 
 		 406 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1885  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 453 aa  46.6  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.211239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  28.22 
 
 		 420 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  28.22 
 
 		 439 aa  46.6  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3026  major facilitator superfamily transporter  25.33 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4768  major facilitator transporter  34.18 
 
 		 414 aa  46.2  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.24612 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  29.41 
 
 		 504 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4011  protocatechuate (4-hydroxybenzoate) transmembrane transporter  29.32 
 
 		 459 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>