123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4509 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  100 
 
 		 392 aa  741    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  57.62 
 
 		 394 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  55.62 
 
 		 394 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  54.03 
 
 		 401 aa  293  5e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  49.29 
 
 		 400 aa  290  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  43.34 
 
 		 359 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  34.7 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  34.7 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  34.7 
 
 		 392 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  34.43 
 
 		 392 aa  159  9e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  34.43 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  35.15 
 
 		 392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  35.15 
 
 		 392 aa  156  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  34.15 
 
 		 392 aa  156  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  34.43 
 
 		 392 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  35.16 
 
 		 394 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  35.16 
 
 		 394 aa  149  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  35.16 
 
 		 394 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  34.87 
 
 		 394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  32.24 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  35.16 
 
 		 394 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  31.03 
 
 		 397 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  34.09 
 
 		 406 aa  139  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  30.36 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  33.62 
 
 		 405 aa  132  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 394 aa  130  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  30.9 
 
 		 388 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  31.89 
 
 		 404 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  27.6 
 
 		 395 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  29.61 
 
 		 433 aa  125  9e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  32.8 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  26.02 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  32.34 
 
 		 428 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  30.81 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  33.42 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  29.41 
 
 		 395 aa  123  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  31.44 
 
 		 404 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  28.61 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  29.41 
 
 		 395 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  31.47 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  33.89 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  33.67 
 
 		 409 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  32.97 
 
 		 399 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  31.72 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  32.15 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  30.65 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  30.31 
 
 		 405 aa  117  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  31.44 
 
 		 385 aa  117  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  31.92 
 
 		 408 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  33.15 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  31.17 
 
 		 417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  34.25 
 
 		 388 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  32.88 
 
 		 422 aa  113  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  26.82 
 
 		 389 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  30.28 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  31.03 
 
 		 421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  30.28 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  31.41 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  31.77 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  30.31 
 
 		 402 aa  110  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  31.76 
 
 		 409 aa  110  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  27.55 
 
 		 400 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  34.06 
 
 		 443 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  33.24 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  31.84 
 
 		 420 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5090  major facilitator transporter  32.8 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.778625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  32.22 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  32 
 
 		 394 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  30.96 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  31.61 
 
 		 420 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  31.61 
 
 		 439 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  33.6 
 
 		 416 aa  99.8  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  31.92 
 
 		 408 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2883  major facilitator transporter  31 
 
 		 391 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000788215 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  30.33 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  32.89 
 
 		 416 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5344  major facilitator transporter  32.79 
 
 		 415 aa  96.3  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0908766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  32.51 
 
 		 395 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46180  hypothetical protein  34.2 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0113792 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3514  major facilitator transporter  31.17 
 
 		 415 aa  90.1  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.747582  normal  0.0415191 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3928  hypothetical protein  33.82 
 
 		 397 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  32.44 
 
 		 374 aa  85.9  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0241  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 393 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.616236  normal  0.0363881 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  31.78 
 
 		 427 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  29.72 
 
 		 399 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2826  major facilitator superfamily MFS_1  30.17 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.160845 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1033  major facilitator transporter  30.71 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2373  MFS family transporter  30.71 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.098036  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0334  major facilitator superfamily MFS_1  32.27 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8502  major facilitator transporter  30.95 
 
 		 388 aa  77  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  34 
 
 		 504 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  28.68 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  31.54 
 
 		 409 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  32.59 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0330  major facilitator superfamily MFS_1  34.08 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.422618  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0319  major facilitator superfamily MFS_1  34.08 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0621236  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  34.69 
 
 		 417 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0308  hypothetical protein  35.42 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45070  hypothetical protein  26.87 
 
 		 401 aa  65.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>