117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3678 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  100 
 
 		 405 aa  786    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  61.15 
 
 		 406 aa  437  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  58.65 
 
 		 402 aa  411  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  35.11 
 
 		 412 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  33.89 
 
 		 423 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  35.88 
 
 		 404 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  33.68 
 
 		 408 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  36.44 
 
 		 408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  37.15 
 
 		 422 aa  152  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  35.29 
 
 		 404 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  36.24 
 
 		 417 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  36.87 
 
 		 422 aa  150  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  34.97 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  34.97 
 
 		 420 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  35.07 
 
 		 420 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  35.42 
 
 		 417 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  34.39 
 
 		 400 aa  144  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  34.69 
 
 		 382 aa  144  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  34.53 
 
 		 421 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  35.75 
 
 		 409 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  34.2 
 
 		 428 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  35.47 
 
 		 409 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  32.69 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1904  hypothetical protein  35.19 
 
 		 437 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  34.38 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  34.09 
 
 		 399 aa  132  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  35.38 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  31.96 
 
 		 392 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  32.69 
 
 		 392 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  33.53 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  32.31 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  31.86 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  31.86 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  32.03 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  31.86 
 
 		 392 aa  124  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  35.8 
 
 		 388 aa  123  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  29.16 
 
 		 398 aa  123  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  31.32 
 
 		 383 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  31.32 
 
 		 383 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  33.08 
 
 		 390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  33.24 
 
 		 392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  33.24 
 
 		 392 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  34.83 
 
 		 385 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  32.2 
 
 		 359 aa  119  7.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  35.41 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46180  hypothetical protein  32.45 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0113792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3928  hypothetical protein  32.43 
 
 		 397 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  36.31 
 
 		 427 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  34.38 
 
 		 390 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  30.09 
 
 		 395 aa  112  8.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  33.16 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  33.16 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  33.16 
 
 		 394 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  30.07 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  33.16 
 
 		 394 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  34.01 
 
 		 394 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  33.6 
 
 		 394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  34.94 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  33.72 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  28.74 
 
 		 395 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  33.16 
 
 		 394 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  32.32 
 
 		 388 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  26.16 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  31.42 
 
 		 397 aa  102  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  30.03 
 
 		 400 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  34.1 
 
 		 401 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  24.72 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45070  hypothetical protein  31.09 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  27.35 
 
 		 403 aa  90.1  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  27.08 
 
 		 428 aa  89.7  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  28.53 
 
 		 433 aa  89.7  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1818  hypothetical protein  39.13 
 
 		 525 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.628043  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1425  hypothetical protein  39.74 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0453  hypothetical protein  39.74 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1662  major facilitator superfamily permease  39.13 
 
 		 546 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0707  hypothetical protein  39.74 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.445459  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1639  major facilitator superfamily permease  39.74 
 
 		 537 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  28.12 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2659  major facilitator transporter  40.97 
 
 		 540 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.600208  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  27.68 
 
 		 405 aa  79.3  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  30.16 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  34.65 
 
 		 504 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  28.93 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2826  major facilitator superfamily MFS_1  29.24 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.160845 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  29.37 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  28.53 
 
 		 398 aa  70.5  0.00000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  30.22 
 
 		 404 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  30.79 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  29.33 
 
 		 395 aa  67.8  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8502  major facilitator transporter  30.29 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.988555 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  28.53 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1455  major facilitator transporter  28.49 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  29.36 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1953  hypothetical protein  28.07 
 
 		 406 aa  57  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  33.52 
 
 		 395 aa  56.6  0.0000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  29.14 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  28.89 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  28 
 
 		 416 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  28 
 
 		 416 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>