118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0733 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  100 
 
 
388 aa  758    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  60.94 
 
 
395 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  60.94 
 
 
395 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  59.1 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  59.1 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  59.1 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  59.78 
 
 
392 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  59.5 
 
 
392 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  63.46 
 
 
394 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  63.74 
 
 
394 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  63.74 
 
 
394 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  59.22 
 
 
392 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  63.56 
 
 
394 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  58.82 
 
 
392 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  64.02 
 
 
394 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  61.06 
 
 
392 aa  391  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  61.06 
 
 
392 aa  391  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  37.64 
 
 
385 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  36.67 
 
 
388 aa  169  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  30.03 
 
 
400 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  29.31 
 
 
398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  29.18 
 
 
402 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  34.92 
 
 
408 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  33.43 
 
 
394 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  33.62 
 
 
394 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  32.13 
 
 
397 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  31.46 
 
 
400 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  30.89 
 
 
359 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  32.89 
 
 
417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  33.33 
 
 
413 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  30.71 
 
 
428 aa  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  30.81 
 
 
408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  27.45 
 
 
395 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  29.62 
 
 
397 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  30.23 
 
 
392 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  30.77 
 
 
412 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  32.32 
 
 
423 aa  116  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  28.26 
 
 
389 aa  115  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  32.21 
 
 
420 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  30.6 
 
 
428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  30.03 
 
 
383 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  30.03 
 
 
383 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  28.57 
 
 
433 aa  113  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  30.77 
 
 
404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  31.54 
 
 
439 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  30.32 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  30.71 
 
 
404 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  31.54 
 
 
420 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  30.32 
 
 
394 aa  109  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  30.42 
 
 
400 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  31.56 
 
 
417 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1904  hypothetical protein  33.15 
 
 
437 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  30.03 
 
 
421 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  27.78 
 
 
405 aa  106  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  28.73 
 
 
403 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  30.6 
 
 
390 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  30.16 
 
 
385 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  29.24 
 
 
382 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  31.52 
 
 
422 aa  100  6e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  29.4 
 
 
406 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  29.81 
 
 
386 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  31.25 
 
 
422 aa  98.6  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  32.51 
 
 
405 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  31.84 
 
 
409 aa  97.8  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  32.37 
 
 
401 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  31.02 
 
 
393 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  29.52 
 
 
374 aa  89.7  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  30.14 
 
 
389 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  29.59 
 
 
390 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  27.67 
 
 
404 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  26.48 
 
 
398 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46180  hypothetical protein  30.81 
 
 
397 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0113792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3928  hypothetical protein  30.29 
 
 
397 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  28.36 
 
 
405 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  30.87 
 
 
402 aa  77.4  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  38.51 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  28.61 
 
 
394 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0339  major facilitator superfamily permease  27.49 
 
 
399 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2038  normal  0.0205502 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  27.95 
 
 
409 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  28.57 
 
 
427 aa  68.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  27.24 
 
 
395 aa  68.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  27.11 
 
 
416 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0445  major facilitator transporter  30.63 
 
 
408 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4306  major facilitator superfamily transporter  25.37 
 
 
413 aa  67  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0575629 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2659  major facilitator transporter  37.23 
 
 
540 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.600208  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  30.65 
 
 
504 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7234  major facilitator superfamily MFS_1  29.55 
 
 
411 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  27.13 
 
 
395 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  26.33 
 
 
415 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1662  major facilitator superfamily permease  35.82 
 
 
546 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1639  major facilitator superfamily permease  35.82 
 
 
537 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1818  hypothetical protein  35.82 
 
 
525 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.628043  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0330  major facilitator superfamily MFS_1  31.95 
 
 
394 aa  63.2  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.422618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2883  major facilitator transporter  27.59 
 
 
391 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000788215 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  32.58 
 
 
406 aa  61.6  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0308  hypothetical protein  32.03 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  26.85 
 
 
416 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0319  major facilitator superfamily MFS_1  31.36 
 
 
402 aa  62  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0621236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1953  hypothetical protein  29.68 
 
 
406 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0453  hypothetical protein  32.48 
 
 
238 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>