118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5539 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5539  hypothetical protein  100 
 
 		 402 aa  787    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.188295  normal  0.0555001 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6839  protein of unknown function DUF1228  69.98 
 
 		 408 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480421  normal  0.134894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1488  hypothetical protein  48.06 
 
 		 417 aa  318  7.999999999999999e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1041  hypothetical protein  44.58 
 
 		 428 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0856  hypothetical protein  47.53 
 
 		 412 aa  289  6e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0821  protein of unknown function DUF1228  44.7 
 
 		 404 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303268  normal  0.29655 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0806  hypothetical protein  45.9 
 
 		 423 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0751  protein of unknown function DUF1228  44.91 
 
 		 404 aa  285  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.361372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0209  protein of unknown function DUF1228  44.72 
 
 		 422 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0805  hypothetical protein  48.47 
 
 		 409 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  0.650566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0190  hypothetical protein  44.2 
 
 		 422 aa  261  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0273  hypothetical protein  40.39 
 
 		 427 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1291  hypothetical protein  41.83 
 
 		 408 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2822  protein of unknown function DUF1228  41.1 
 
 		 421 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.147565 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4555  hypothetical protein  41.42 
 
 		 417 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1330  hypothetical protein  40.9 
 
 		 413 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.312035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1611  hypothetical protein  40.7 
 
 		 409 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1411  hypothetical protein  41.19 
 
 		 439 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0929  hypothetical protein  41.19 
 
 		 420 aa  216  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0697566  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1904  hypothetical protein  42.94 
 
 		 437 aa  215  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1389  hypothetical protein  40.38 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.290756 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2745  protein of unknown function DUF1228  41.57 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4526  hypothetical protein  36 
 
 		 390 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0279  major facilitator transporter  29.71 
 
 		 398 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1559  hypothetical protein  34.75 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0485  hypothetical protein  34.94 
 
 		 406 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.626037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4033  hypothetical protein  35.59 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.253788 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2471  major facilitator transporter  35.71 
 
 		 383 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2569  hypothetical protein  35.71 
 
 		 383 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1313  major facilitator transporter  52.11 
 
 		 504 aa  149  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2754  hypothetical protein  33.51 
 
 		 382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3819  hypothetical protein  35.86 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0125429  normal  0.189828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46180  hypothetical protein  35.96 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0113792 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3928  hypothetical protein  36.26 
 
 		 397 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2659  major facilitator transporter  54.55 
 
 		 540 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.600208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1449  hypothetical protein  35.8 
 
 		 393 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1384  hypothetical protein  35.33 
 
 		 390 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0951204  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1662  major facilitator superfamily permease  53.08 
 
 		 546 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.252981  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1639  major facilitator superfamily permease  53.08 
 
 		 537 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1818  hypothetical protein  53.08 
 
 		 525 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.628043  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1160  major facilitator transporter  25.87 
 
 		 433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0149798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3678  protein of unknown function DUF1228  32.7 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28396  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1231  major facilitator superfamily tranporter  27.36 
 
 		 428 aa  125  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.475499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0122  protein of unknown function DUF1228  32.4 
 
 		 402 aa  123  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3732  hypothetical protein  31.22 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000100771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0733  hypothetical protein  30.17 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.162418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4560  major facilitator transporter  31.59 
 
 		 392 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4773  transporter, major facilitator family  30.94 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04201  predicted inner membrane protein  31.3 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000208654  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3664  protein of unknown function DUF1228  31.3 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000330121  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2647  major facilitator transporter  32.86 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.652327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04164  hypothetical protein  31.3 
 
 		 392 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000012722  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0484  hypothetical protein  30.2 
 
 		 400 aa  117  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4932  major facilitator transporter  31.32 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4877  major facilitator transporter  32.18 
 
 		 392 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5844  transporter, major facilitator family  32.18 
 
 		 392 aa  112  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.482212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1585  major facilitator transporter  26.7 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3043  major facilitator transporter  30.46 
 
 		 394 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.890919 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0207  hypothetical protein  27.82 
 
 		 395 aa  109  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.49283  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4772  transporter major facilitator family  32.76 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4896  hypothetical protein  27.54 
 
 		 395 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3120  protein of unknown function DUF1228  32.65 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.508963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2851  protein of unknown function DUF1228  32.35 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4846  transporter, major facilitator family  32.76 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4918  major facilitator family transporter  32.76 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.844872  normal  0.222303 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45070  hypothetical protein  30.83 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4509  hypothetical protein  28.76 
 
 		 392 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.530694 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4870  major facilitator family protein  32.48 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.444375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0072  hypothetical protein  28.71 
 
 		 400 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0235  sugar transporter  27.5 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.105559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4920  major facilitator family transporter  29.94 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.177935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0358  hypothetical protein  29.04 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.23836  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0169  major facilitator superfamily MFS_1  28.24 
 
 		 397 aa  96.3  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1425  hypothetical protein  40.12 
 
 		 238 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0453  hypothetical protein  40.12 
 
 		 238 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0707  hypothetical protein  40.12 
 
 		 238 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.445459  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0856  major facilitator transporter  27.56 
 
 		 397 aa  93.6  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2649  major facilitator transporter  25.8 
 
 		 389 aa  92.8  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.189084 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0386  hypothetical protein  27.81 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1047  major facilitator transporter  28 
 
 		 405 aa  92  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1651  hypothetical protein  31.23 
 
 		 388 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0231704  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6744  major facilitator superfamily MFS_1  26.11 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.713185 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2883  major facilitator transporter  29.34 
 
 		 391 aa  90.1  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000788215 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1909  major facilitator family transporter  25.07 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0280  major facilitator transporter  26.23 
 
 		 395 aa  83.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3310  MFS permease  31.33 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.641652  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3596  major facilitator transporter  26.67 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0634  protein of unknown function DUF1228  31.16 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7222  major facilitator superfamily MFS_1  30.14 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0489  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 394 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6538  major facilitator transporter  26.53 
 
 		 404 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0434  major facilitator transporter  29.55 
 
 		 408 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3309  major facilitator transporter  26.54 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0225  protein of unknown function DUF1228  29.15 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3608  major facilitator transporter  30.85 
 
 		 416 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3912  major facilitator transporter  30.71 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.812744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33770  hypothetical protein  25.93 
 
 		 408 aa  68.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.756882  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2507  hypothetical protein  29.17 
 
 		 443 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.690501  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4318  hypothetical protein  25.32 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0616031  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0319  major facilitator superfamily MFS_1  33.14 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0621236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>