More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5072 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5072  major facilitator family transporter  100 
 
 		 425 aa  842    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5122  major facilitator transporter  96.13 
 
 		 414 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0416  general substrate transporter  80.86 
 
 		 424 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0394  major facilitator transporter  92.96 
 
 		 414 aa  745    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4945  major facilitator transporter  98.55 
 
 		 414 aa  807    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.395119  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5112  major facilitator superfamily protein  73.85 
 
 		 418 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0420  major facilitator transporter  71.97 
 
 		 422 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66510  putative MFS transporter  76.13 
 
 		 438 aa  584  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5767  major facilitator family transporter  75.38 
 
 		 438 aa  571  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.554362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2281  major facilitator transporter  63.08 
 
 		 421 aa  494  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0316528 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1803  major facilitator family transporter  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01565  predicted transporter  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2047  major facilitator superfamily MFS_1  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349329  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01555  hypothetical protein  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2034  major facilitator transporter  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2306  major facilitator family transporter  61.28 
 
 		 417 aa  479  1e-134  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200396 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1670  major facilitator family transporter  61.03 
 
 		 417 aa  478  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1604  major facilitator family transporter  61.34 
 
 		 417 aa  477  1e-133  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1917  major facilitator transporter  61.21 
 
 		 417 aa  470  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2343  major facilitator superfamily MFS_1  60.39 
 
 		 422 aa  460  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1898  major facilitator superfamily MFS_1  57.65 
 
 		 424 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2042  major facilitator superfamily MFS_1  63.07 
 
 		 422 aa  450  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.316098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45180  Major facilitator family transporter  65.73 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1588  inner membrane transport protein YnfM  60.62 
 
 		 417 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.185202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1686  inner membrane transport protein YnfM  60.62 
 
 		 417 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1853  inner membrane transport protein YnfM  60.36 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1597  inner membrane transport protein YnfM  60.36 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1656  inner membrane transport protein YnfM  60.36 
 
 		 417 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2135  major facilitator superfamily MFS_1  58.16 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1983  major facilitator transporter  57.89 
 
 		 432 aa  421  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.239613  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1871  major facilitator transporter  57.89 
 
 		 422 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00512651  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5565  major facilitator transporter  54.1 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4750  major facilitator transporter  53.3 
 
 		 404 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1968  major facilitator superfamily MFS_1  50 
 
 		 438 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.878316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2333  major facilitator family transporter  50 
 
 		 438 aa  396  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5217  major facilitator superfamily MFS_1  52.79 
 
 		 404 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877552  normal  0.0536068 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5292  major facilitator superfamily MFS_1  53.81 
 
 		 407 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1518  major facilitator superfamily MFS_1  54.84 
 
 		 402 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0691325  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3069  putative transporter transmembrane protein  50.12 
 
 		 428 aa  355  7.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.517563  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1825  major facilitator superfamily MFS_1  47.29 
 
 		 407 aa  352  8e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.010235  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2555  major facilitator superfamily MFS_1  47 
 
 		 434 aa  348  9e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0238485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0657  major facilitator transporter  54.57 
 
 		 399 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0185  major facilitator superfamily MFS_1  46.49 
 
 		 440 aa  332  7.000000000000001e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.899358 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1035  major facilitator superfamily MFS_1  46.36 
 
 		 410 aa  326  5e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1955  major facilitator superfamily MFS_1  44.15 
 
 		 393 aa  322  7e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.135687  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4365  major facilitator transporter  48.03 
 
 		 406 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0770  major facilitator superfamily MFS_1  49.86 
 
 		 440 aa  321  9.999999999999999e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3403  major facilitator transporter  47.26 
 
 		 426 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3226  major facilitator superfamily MFS_1  46.36 
 
 		 410 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.361793 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3349  major facilitator superfamily MFS_1  49.87 
 
 		 429 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3002  major facilitator superfamily MFS_1  48.11 
 
 		 448 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.571362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4358  major facilitator superfamily MFS_1  44.67 
 
 		 412 aa  317  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900983 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3949  major facilitator transporter  45.74 
 
 		 417 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5298  major facilitator transporter  46.91 
 
 		 413 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0624321 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3378  major facilitator transporter  46.91 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4989  major facilitator transporter  46.91 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1443  major facilitator transporter  46.7 
 
 		 416 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4412  major facilitator transporter  45.26 
 
 		 434 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.388207  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2302  major facilitator transporter  46.87 
 
 		 448 aa  310  4e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.44154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1491  major facilitator transporter  46.83 
 
 		 409 aa  309  5e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0357  major facilitator superfamily MFS_1  48.09 
 
 		 431 aa  308  9e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0181  major facilitator family transporter  49.05 
 
 		 526 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4629  major facilitator superfamily MFS_1  44.76 
 
 		 499 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458536  normal  0.277274 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2045  major facilitator superfamily MFS_1  44.71 
 
 		 404 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.588816  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0084  major facilitator transporter  49.46 
 
 		 423 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3894  major facilitator transporter  47.31 
 
 		 445 aa  299  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0403  major facilitator family transporter  49.05 
 
 		 537 aa  299  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0208  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 428 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0444  major facilitator family transporter  46.79 
 
 		 433 aa  298  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.420207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0220  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 429 aa  298  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3269  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 481 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3414  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 429 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2933  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 429 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2156  major facilitator family transporter  48.77 
 
 		 429 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03772  MFS transporter  41.79 
 
 		 426 aa  296  6e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1382  major facilitator superfamily MFS_1  46.94 
 
 		 438 aa  284  2.0000000000000002e-75  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101232  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0642  major facilitator superfamily MFS_1  42.51 
 
 		 422 aa  275  1.0000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1120  major facilitator superfamily MFS_1  40.3 
 
 		 405 aa  268  8.999999999999999e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0908494  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4723  major facilitator superfamily MFS_1  40.92 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0900603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2978  major facilitator transporter  47.53 
 
 		 390 aa  245  9e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.110651 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2970  major facilitator superfamily MFS_1  44.32 
 
 		 408 aa  240  4e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.588323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4186  major facilitator superfamily MFS_1  37.94 
 
 		 408 aa  233  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513939  normal  0.0375994 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0360  putative permease  33.42 
 
 		 410 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.171348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2561  major facilitator superfamily MFS_1  37.09 
 
 		 428 aa  221  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000580351 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1294  major facilitator transporter  37.2 
 
 		 400 aa  220  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.556112  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0369  putative permease  33.42 
 
 		 410 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0420  putative permease  33.42 
 
 		 410 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.682839  hitchhiker  0.00108676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2848  major facilitator transporter  37 
 
 		 419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.649308  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0362  putative permease  33.42 
 
 		 445 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1390  major facilitator transporter  36.22 
 
 		 400 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.238534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06410  arabinose efflux permease family protein  34.41 
 
 		 405 aa  206  5e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.859642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22270  arabinose efflux permease family protein  39.89 
 
 		 410 aa  206  9e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00681057  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03550  arabinose efflux permease family protein  35.81 
 
 		 376 aa  205  1e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2213  major facilitator superfamily MFS_1  38.56 
 
 		 428 aa  205  1e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.175074  decreased coverage  0.00000120086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0791  major facilitator superfamily MFS_1  36.44 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.039054  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1490  major facilitator superfamily MFS_1  39.56 
 
 		 400 aa  204  3e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0584957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1423  major facilitator transporter  35.77 
 
 		 393 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.775397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2753  major facilitator superfamily MFS_1  34.63 
 
 		 397 aa  194  4e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1441  major facilitator transporter  32.56 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1070  MFS transporter  31.33 
 
 		 402 aa  186  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>