More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3002 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3349  major facilitator superfamily MFS_1  97.06 
 
 		 429 aa  696    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3002  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 448 aa  865    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.571362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3069  putative transporter transmembrane protein  83.61 
 
 		 428 aa  631  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.517563  normal  0.927343 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5122  major facilitator transporter  51.04 
 
 		 414 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0084  major facilitator transporter  60.93 
 
 		 423 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0181  major facilitator family transporter  56.53 
 
 		 526 aa  364  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5072  major facilitator family transporter  48.11 
 
 		 425 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5112  major facilitator superfamily protein  49.39 
 
 		 418 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0394  major facilitator transporter  49.23 
 
 		 414 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4365  major facilitator transporter  55.86 
 
 		 406 aa  360  2e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0357  major facilitator superfamily MFS_1  58.71 
 
 		 431 aa  360  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0403  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 537 aa  359  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4945  major facilitator transporter  50.13 
 
 		 414 aa  359  7e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.395119  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3269  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 481 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0208  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 428 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3403  major facilitator transporter  53.77 
 
 		 426 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0220  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3414  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2933  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2156  major facilitator family transporter  58.4 
 
 		 429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4750  major facilitator transporter  50.38 
 
 		 404 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5217  major facilitator superfamily MFS_1  50.13 
 
 		 404 aa  352  1e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.877552  normal  0.0536068 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4358  major facilitator superfamily MFS_1  53.21 
 
 		 412 aa  349  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5767  major facilitator family transporter  47.6 
 
 		 438 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.554362  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5292  major facilitator superfamily MFS_1  49.62 
 
 		 407 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479452 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0416  general substrate transporter  47.44 
 
 		 424 aa  347  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.225586 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0420  major facilitator transporter  49.88 
 
 		 422 aa  346  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66510  putative MFS transporter  47.36 
 
 		 438 aa  346  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2306  major facilitator family transporter  45.81 
 
 		 417 aa  346  6e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.200396 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01565  predicted transporter  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2047  major facilitator superfamily MFS_1  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.349329  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01555  hypothetical protein  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1803  major facilitator family transporter  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2034  major facilitator transporter  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1670  major facilitator family transporter  45.81 
 
 		 417 aa  345  8e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2281  major facilitator transporter  47.47 
 
 		 421 aa  345  8.999999999999999e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0316528 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1604  major facilitator family transporter  47.01 
 
 		 417 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4629  major facilitator superfamily MFS_1  53.4 
 
 		 499 aa  342  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458536  normal  0.277274 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0770  major facilitator superfamily MFS_1  55.65 
 
 		 440 aa  342  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5565  major facilitator transporter  53.94 
 
 		 402 aa  338  9e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1825  major facilitator superfamily MFS_1  47.67 
 
 		 407 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.010235  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4412  major facilitator transporter  51.22 
 
 		 434 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.388207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2343  major facilitator superfamily MFS_1  47.88 
 
 		 422 aa  335  7.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2042  major facilitator superfamily MFS_1  47.7 
 
 		 422 aa  335  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.316098  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3949  major facilitator transporter  51.22 
 
 		 417 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0881757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1898  major facilitator superfamily MFS_1  49.21 
 
 		 424 aa  333  3e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2302  major facilitator transporter  51.85 
 
 		 448 aa  332  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.44154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5298  major facilitator transporter  52.39 
 
 		 413 aa  330  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0624321 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1491  major facilitator transporter  54.59 
 
 		 409 aa  329  6e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3378  major facilitator transporter  52.14 
 
 		 441 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4989  major facilitator transporter  52.14 
 
 		 441 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0444  major facilitator family transporter  54.24 
 
 		 433 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.420207  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1917  major facilitator transporter  46.92 
 
 		 417 aa  318  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2555  major facilitator superfamily MFS_1  46.91 
 
 		 434 aa  318  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0238485  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0185  major facilitator superfamily MFS_1  48.64 
 
 		 440 aa  317  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.899358 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1035  major facilitator superfamily MFS_1  47.84 
 
 		 410 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03772  MFS transporter  47.89 
 
 		 426 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2135  major facilitator superfamily MFS_1  47.33 
 
 		 425 aa  309  5.9999999999999995e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1968  major facilitator superfamily MFS_1  44.9 
 
 		 438 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.878316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2333  major facilitator family transporter  44.9 
 
 		 438 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1853  inner membrane transport protein YnfM  46.11 
 
 		 417 aa  309  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1656  inner membrane transport protein YnfM  46.11 
 
 		 417 aa  309  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1597  inner membrane transport protein YnfM  46.11 
 
 		 417 aa  309  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1443  major facilitator transporter  48.07 
 
 		 416 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3894  major facilitator transporter  51.41 
 
 		 445 aa  306  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1588  inner membrane transport protein YnfM  46.79 
 
 		 417 aa  306  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.185202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1686  inner membrane transport protein YnfM  46.52 
 
 		 417 aa  305  7e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3226  major facilitator superfamily MFS_1  47.3 
 
 		 410 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.361793 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1955  major facilitator superfamily MFS_1  43.8 
 
 		 393 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.135687  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1518  major facilitator superfamily MFS_1  52.55 
 
 		 402 aa  297  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0691325  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1871  major facilitator transporter  43.54 
 
 		 422 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00512651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1983  major facilitator transporter  43.54 
 
 		 432 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.239613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0657  major facilitator transporter  53.62 
 
 		 399 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1120  major facilitator superfamily MFS_1  44.75 
 
 		 405 aa  273  3e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0908494  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2045  major facilitator superfamily MFS_1  43.97 
 
 		 404 aa  270  5e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.588816  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1382  major facilitator superfamily MFS_1  47.21 
 
 		 438 aa  263  6e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45180  Major facilitator family transporter  47.72 
 
 		 457 aa  263  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0642  major facilitator superfamily MFS_1  44.38 
 
 		 422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1294  major facilitator transporter  41.4 
 
 		 400 aa  248  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.556112  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2978  major facilitator transporter  52.33 
 
 		 390 aa  248  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.110651 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4723  major facilitator superfamily MFS_1  45.05 
 
 		 413 aa  238  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0900603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2970  major facilitator superfamily MFS_1  43.77 
 
 		 408 aa  237  3e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.588323  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2561  major facilitator superfamily MFS_1  40.4 
 
 		 428 aa  235  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000580351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4186  major facilitator superfamily MFS_1  37.47 
 
 		 408 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0513939  normal  0.0375994 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2848  major facilitator transporter  41.11 
 
 		 419 aa  218  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.649308  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06410  arabinose efflux permease family protein  39.29 
 
 		 405 aa  216  5.9999999999999996e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.859642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03550  arabinose efflux permease family protein  38.75 
 
 		 376 aa  204  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1423  major facilitator transporter  36.87 
 
 		 393 aa  203  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.775397  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0791  major facilitator superfamily MFS_1  40.29 
 
 		 434 aa  202  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.039054  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22270  arabinose efflux permease family protein  40.55 
 
 		 410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.00681057  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1390  major facilitator transporter  35.36 
 
 		 400 aa  199  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.238534  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2213  major facilitator superfamily MFS_1  39.02 
 
 		 428 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.175074  decreased coverage  0.00000120086 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1149  major facilitator transporter  36.69 
 
 		 407 aa  191  2.9999999999999997e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0362  putative permease  31.94 
 
 		 445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0420  putative permease  31.94 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.682839  hitchhiker  0.00108676 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0369  putative permease  31.94 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1490  major facilitator superfamily MFS_1  40.37 
 
 		 400 aa  189  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0584957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0360  putative permease  32.02 
 
 		 410 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.171348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1441  major facilitator transporter  34.15 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1454  major facilitator transporter  32.6 
 
 		 409 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0344021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>