More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0375 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0375  response regulator receiver protein  100 
 
 		 132 aa  267  4e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0355  response regulator receiver protein  94.17 
 
 		 132 aa  230  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000313878 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1649  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.110887  normal  0.355464 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0774  response regulator receiver domain-containing protein  41.27 
 
 		 132 aa  103  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0539  response regulator receiver protein  41.98 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1694  response regulator receiver domain-containing protein  40.16 
 
 		 137 aa  101  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978146  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2431  response regulator receiver domain-containing protein  39.69 
 
 		 131 aa  101  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000210514  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1286  chemotaxis protein CheY  38.17 
 
 		 131 aa  100  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1742  response regulator receiver protein  39.68 
 
 		 132 aa  97.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000010553  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0863  response regulator receiver protein  37.4 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1427  response regulator receiver protein  36.64 
 
 		 131 aa  95.5  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.275348  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3528  response regulator receiver protein  40.46 
 
 		 130 aa  94  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178866  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2860  response regulator receiver protein  37.3 
 
 		 132 aa  93.6  7e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0805  response regulator receiver protein  39.69 
 
 		 136 aa  93.6  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00141672  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1908  response regulator receiver protein  34.35 
 
 		 127 aa  92.8  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000488477  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0226  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.120465 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0617  response regulator receiver protein  34.85 
 
 		 131 aa  86.7  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00086326 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1327  response regulator receiver protein  38.17 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2249  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 131 aa  84  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1975  response regulator receiver protein  33.59 
 
 		 131 aa  82  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0684  chemotaxis protein CheY  29.77 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.892402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0876  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA03400  two-component sensor molecule, putative  32.88 
 
 		 1617 aa  69.3  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.64378  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  37.9 
 
 		 123 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3242  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 		 1027 aa  68.2  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.073449  normal  0.0177381 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 123 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0425  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 893 aa  67.8  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 		 1045 aa  67.4  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2393  histidine kinase  37.3 
 
 		 735 aa  67  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.774182  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3783  histidine kinase  34.65 
 
 		 544 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.401083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  37.1 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1674  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.21 
 
 		 890 aa  65.5  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00434081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 235 aa  63.9  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.54 
 
 		 1788 aa  63.9  0.0000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0265  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 121 aa  63.5  0.0000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  38.68 
 
 		 734 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4540  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 128 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 1713 aa  63.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 1202 aa  63.5  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0620  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 645 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0677  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.6 
 
 		 343 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.756866  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1399  two component transcriptional regulator  38.4 
 
 		 228 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 827 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2937  two component transcriptional regulator  34.09 
 
 		 255 aa  62  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.511337  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  32.28 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  35.38 
 
 		 222 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_84973  histidine kinase osmosensor Osmolarity two-component system protein SLN1  30 
 
 		 1168 aa  61.2  0.000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.656577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3617  two component transcriptional regulator  34.35 
 
 		 221 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 227 aa  61.2  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 764 aa  60.8  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 1003 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  35.43 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03688  Stress response regulator SrrA [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8J0P7]  33.33 
 
 		 558 aa  60.8  0.000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.08 
 
 		 918 aa  60.5  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 318 aa  60.5  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0937  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.59 
 
 		 852 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.661814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02792  response regulator  34.09 
 
 		 225 aa  60.5  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2590  response regulator receiver protein  32.82 
 
 		 131 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2536  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 801 aa  60.5  0.000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087707 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03214  conserved hypothetical protein  30.95 
 
 		 852 aa  59.3  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.61345  normal  0.573276 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  37.01 
 
 		 227 aa  59.7  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0260  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 		 1287 aa  59.7  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.579693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 1245 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.88 
 
 		 649 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  33.85 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0781  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 1101 aa  59.7  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.114215 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2327  ATP-binding region ATPase domain protein  33.88 
 
 		 758 aa  60.1  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 1120 aa  59.7  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4859  two component transcriptional regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5144  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.83 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  33.85 
 
 		 380 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5173  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.15 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  32.5 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1858  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4744  response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1055  transcriptional regulatory protein YedW  33.07 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4763  response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 1223 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1191  transcriptional regulatory protein YedW  33.07 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5188  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0071  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  35.71 
 
 		 1347 aa  59.3  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1133  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5275  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0964  two component transcriptional regulator  28.21 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.412408  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1171  transcriptional regulatory protein YedW  33.07 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00724  putative response regulator  31.86 
 
 		 329 aa  58.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2950  two component transcriptional regulator  37.6 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0702  DNA-binding response regulator  37.12 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3000  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.62 
 
 		 968 aa  58.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5179  DNA-binding response regulator  33.59 
 
 		 221 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1160  transcriptional regulatory protein YedW  33.07 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.728212 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.15 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>