More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3941 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.15 
 
 
342 aa  645    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  707    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.98 
 
 
342 aa  523  1e-147  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  72.27 
 
 
342 aa  520  1e-146  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.45 
 
 
353 aa  520  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.53 
 
 
347 aa  503  1e-141  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.21 
 
 
350 aa  502  1e-141  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.41 
 
 
342 aa  459  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.538907  hitchhiker  0.000599316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.89 
 
 
352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.14 
 
 
351 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  56.14 
 
 
351 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.97 
 
 
351 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.7 
 
 
350 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.41 
 
 
349 aa  334  1e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.39 
 
 
336 aa  330  2e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.09 
 
 
346 aa  322  7e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0367  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.73 
 
 
340 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134105  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  51.49 
 
 
347 aa  310  2.9999999999999997e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.75 
 
 
338 aa  309  4e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.59 
 
 
342 aa  306  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  46.76 
 
 
353 aa  302  5.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.56 
 
 
349 aa  301  7.000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.86 
 
 
346 aa  299  5e-80  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.76 
 
 
353 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  42.48 
 
 
326 aa  261  8.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.32 
 
 
356 aa  209  6e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.049862  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  37.54 
 
 
346 aa  209  7e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.86 
 
 
322 aa  208  1e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.54 
 
 
344 aa  208  1e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.07 
 
 
348 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.42 
 
 
368 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
342 aa  193  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.88 
 
 
510 aa  186  5e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
459 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1046  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  37.78 
 
 
345 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
342 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.33 
 
 
501 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  35.23 
 
 
724 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.76 
 
 
312 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.81 
 
 
312 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
328 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  32.39 
 
 
352 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.65 
 
 
346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  33.12 
 
 
312 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.76 
 
 
330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14431  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  32.97 
 
 
315 aa  142  7e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
325 aa  137  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
315 aa  133  6e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  31.63 
 
 
337 aa  127  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
325 aa  124  3e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  32 
 
 
327 aa  95.5  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.93 
 
 
309 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.51 
 
 
319 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  32.13 
 
 
328 aa  92.4  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 
310 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.29106  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  30.92 
 
 
355 aa  89.4  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  26.98 
 
 
312 aa  89.4  8e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1762  HrEpiB  26.98 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  27.74 
 
 
329 aa  87  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  24.53 
 
 
314 aa  86.3  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
310 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3208  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
310 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
335 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.284627  normal  0.304457 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2285  UDP-glucose 4-epimerase  27.62 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0119  UDP-glucose 4-epimerase  29.35 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.500269  hitchhiker  0.00370533 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  27.41 
 
 
332 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2635  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
301 aa  82.8  0.000000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0777  UDP-galactose 4-epimerase  32.38 
 
 
329 aa  82.4  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107594  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  30 
 
 
331 aa  82.4  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  27.41 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.82 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 
326 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1173  UDP-galactose-4-epimerase  30.22 
 
 
338 aa  80.9  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.72 
 
 
327 aa  80.9  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.88 
 
 
301 aa  80.1  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0495  UDP-glucose 4-epimerase  29.12 
 
 
336 aa  80.1  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0182  UDP-glucose 4-epimerase  28.2 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  29.45 
 
 
328 aa  80.1  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
309 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2205  UDP-glucose 4-epimerase  28.7 
 
 
327 aa  79.3  0.00000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  30.29 
 
 
337 aa  79.3  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_002978  WD0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  29.65 
 
 
319 aa  79  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00880027  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0652  UDP-galactose 4-epimerase  30.24 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  28.42 
 
 
330 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  28.42 
 
 
330 aa  79  0.0000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 
334 aa  79  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 
334 aa  78.6  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  27.21 
 
 
328 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.35 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2141  UDP-glucose 4-epimerase  30.51 
 
 
334 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1369  UDP-glucose 4-epimerase  28.52 
 
 
333 aa  77.8  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>