More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4217 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
348 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.38 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.049862  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1046  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  56.77 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  47.29 
 
 
352 aa  325  6e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
346 aa  253  4.0000000000000004e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  39.71 
 
 
353 aa  242  6e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
349 aa  240  2.9999999999999997e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.62 
 
 
346 aa  239  5e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.13 
 
 
350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
353 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.6 
 
 
349 aa  230  3e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.71 
 
 
342 aa  226  3e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  40.75 
 
 
347 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.18 
 
 
342 aa  222  7e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.538907  hitchhiker  0.000599316 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
336 aa  219  7e-56  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.4 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  37.5 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0367  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134105  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.14 
 
 
351 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.6 
 
 
338 aa  212  1e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  37.57 
 
 
351 aa  212  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.57 
 
 
351 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.39 
 
 
352 aa  210  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
342 aa  207  3e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.07 
 
 
342 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.92 
 
 
353 aa  202  9.999999999999999e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.56 
 
 
350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  35.16 
 
 
342 aa  192  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.18 
 
 
347 aa  189  4e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.17 
 
 
312 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  35.79 
 
 
346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  35.79 
 
 
344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.65 
 
 
312 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
322 aa  162  6e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  33.93 
 
 
312 aa  159  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  33.53 
 
 
724 aa  155  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
368 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 
315 aa  150  5e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
510 aa  149  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14431  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  32.79 
 
 
315 aa  149  9e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
342 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
501 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.36 
 
 
459 aa  138  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.58 
 
 
325 aa  137  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
328 aa  129  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.09 
 
 
337 aa  122  8e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
330 aa  119  7.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.79 
 
 
321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.29106  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
325 aa  113  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
309 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 
319 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  30.72 
 
 
312 aa  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1762  HrEpiB  30.18 
 
 
313 aa  99.4  9e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
346 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
310 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
310 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
312 aa  94.4  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
314 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.237262  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.5 
 
 
333 aa  88.6  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
327 aa  87.4  3e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.61 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.53 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  27.88 
 
 
314 aa  79.7  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
312 aa  76.3  0.0000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.07 
 
 
331 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
301 aa  73.9  0.000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
308 aa  73.6  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
314 aa  73.6  0.000000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.24 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0489  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000122092 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.39 
 
 
342 aa  73.2  0.000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.948095  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.46 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
318 aa  72.4  0.00000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1217  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.01 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.58 
 
 
313 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3065  UDP-glucose 4-epimerase  30 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
308 aa  70.5  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  27.33 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.95 
 
 
298 aa  69.3  0.00000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.65 
 
 
339 aa  69.3  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.9 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.478693  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.44 
 
 
329 aa  69.3  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.09 
 
 
308 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.24 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.91 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1139  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.123868  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.04 
 
 
325 aa  68.2  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1332  UDP-glucose 4-epimerase  28.17 
 
 
330 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2141  UDP-glucose 4-epimerase  26.89 
 
 
334 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.9 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  28.72 
 
 
328 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>