More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2240 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
342 aa  709    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.43 
 
 
342 aa  629  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.82 
 
 
368 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0067  UDP-glucose 4-epimerase  36.34 
 
 
346 aa  218  1e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
510 aa  216  2.9999999999999998e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2038  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.34 
 
 
344 aa  216  4e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1108  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.13 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
347 aa  213  2.9999999999999995e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00013526  normal  0.0975355 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.51 
 
 
350 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.35 
 
 
352 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.88 
 
 
342 aa  196  5.000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.538907  hitchhiker  0.000599316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2465  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  35.28 
 
 
724 aa  196  6e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.6 
 
 
349 aa  195  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
353 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0601377  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.97 
 
 
350 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
351 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.428497 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0026  epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
351 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1564  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.07 
 
 
346 aa  189  7e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.697204 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
459 aa  188  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2946  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.71 
 
 
346 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0355882  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
501 aa  186  5e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0788  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.14 
 
 
342 aa  186  5e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.21169 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3941  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.43 
 
 
342 aa  185  9e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.438556 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0435  epimerase/dehydratase family protein, putative  35.46 
 
 
353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0291791  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2180  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.25 
 
 
351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.865242  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.45 
 
 
342 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000177376  hitchhiker  0.0000622856 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
338 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.214439  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0378  putative epimerase/dehydratase family protein  34.95 
 
 
326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0214  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.23 
 
 
342 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.378919  normal  0.293641 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0638  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.54 
 
 
347 aa  179  8e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.531653  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
328 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0367  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.33 
 
 
340 aa  177  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134105  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3387  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 
353 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.718202  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0794  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.95 
 
 
337 aa  166  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4449  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 
312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179885  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14431  putative nucleoside-diphosphate sugar epimerase  34.28 
 
 
315 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.96 
 
 
346 aa  160  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
312 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
336 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.523915  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5633  putative sugar-nucleotide epimerase/dehydratase  33.94 
 
 
312 aa  156  6e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.48 
 
 
330 aa  152  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.591198 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4217  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
348 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.05 
 
 
315 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1228  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.8 
 
 
325 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0794  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
312 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.39 
 
 
321 aa  124  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1046  putative sugar nucleotide epimerase/dehydratase  30.42 
 
 
345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4539  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
356 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.049862  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1887  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
310 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.29106  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  28.48 
 
 
352 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1425  HrEpiB  28.53 
 
 
312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1762  HrEpiB  28.21 
 
 
313 aa  110  5e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4919  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.45 
 
 
309 aa  109  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
325 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
333 aa  104  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
314 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.237262  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
316 aa  102  9e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0778  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
316 aa  101  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00475764  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
319 aa  100  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.07 
 
 
327 aa  99.8  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
327 aa  99.8  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.12 
 
 
321 aa  99.4  7e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.18 
 
 
329 aa  99.4  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.24 
 
 
312 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
310 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
309 aa  96.7  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.85 
 
 
342 aa  96.7  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
310 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
308 aa  95.9  9e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.95 
 
 
312 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
305 aa  95.5  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3228  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.87 
 
 
316 aa  95.1  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.85 
 
 
330 aa  94.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.746716  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
310 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.83 
 
 
317 aa  94  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
328 aa  93.2  5e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
318 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
321 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
321 aa  92.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.73 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.8 
 
 
327 aa  91.7  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
310 aa  91.7  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.93 
 
 
336 aa  91.3  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  28.1 
 
 
307 aa  91.3  2e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.96 
 
 
357 aa  90.9  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.55139  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
310 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.71 
 
 
677 aa  89.4  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.15 
 
 
336 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.56 
 
 
341 aa  88.6  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
317 aa  89  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1181  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
310 aa  89  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.236062 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0958  ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase precursor  30.51 
 
 
314 aa  89  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257763  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
318 aa  87.8  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2077  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
314 aa  88.2  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>