54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0301 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0301  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 167 aa  337  5.9999999999999996e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  57.38 
 
 		 403 aa  74.3  0.0000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1530  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 403 aa  71.2  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0255908 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4245  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 397 aa  53.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1336  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 225 aa  52.4  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1661  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 225 aa  52.4  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.333034  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 406 aa  48.5  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 524 aa  48.1  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  30 
 
 		 233 aa  48.1  0.00006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2300  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0137231  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8306  transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 107 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.6083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2898  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 181 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2884  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 181 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0819457  normal  0.480487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2806  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 181 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 123 aa  43.9  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 356 aa  43.9  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  37.5 
 
 		 217 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  37.5 
 
 		 217 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  37.5 
 
 		 217 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0422  transcriptional regulator  40 
 
 		 146 aa  43.9  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 528 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1431  helix-turn-helix domain protein  39.62 
 
 		 147 aa  42.7  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2087  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 195 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 203 aa  42.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 68 aa  42.4  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  46.81 
 
 		 124 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 		 179 aa  42  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 206 aa  42  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 68 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 68 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 68 aa  42  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 179 aa  42  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 244 aa  41.6  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 84 aa  41.6  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 72 aa  41.6  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 404 aa  41.6  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 201 aa  41.2  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  40.51 
 
 		 411 aa  41.2  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 197 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 180 aa  41.2  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.48 
 
 		 72 aa  41.2  0.007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2705  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40 
 
 		 203 aa  40.8  0.008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.847169  normal  0.058179 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 516 aa  40.8  0.008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  33.68 
 
 		 225 aa  41.2  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 105 aa  40.8  0.009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  28.75 
 
 		 204 aa  40.8  0.009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2901  DNA-binding protein  40 
 
 		 182 aa  40.8  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 197 aa  40.8  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2125  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 182 aa  40.4  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02750  predicted transcriptional regulator  36.92 
 
 		 215 aa  40.4  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0950  transcriptional regulator  29.58 
 
 		 207 aa  40.4  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 178 aa  40.4  0.01  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>