More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1248 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 414 aa  862    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  72.88 
 
 		 417 aa  632  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  67.09 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  56.37 
 
 		 410 aa  486  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  50.62 
 
 		 408 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  49.64 
 
 		 408 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  47.67 
 
 		 413 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  47.67 
 
 		 399 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  41.33 
 
 		 417 aa  315  8e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 408 aa  309  5e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  39.95 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  39.95 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  39.85 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  38.96 
 
 		 419 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 421 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 		 419 aa  298  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  38.52 
 
 		 417 aa  296  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  39.9 
 
 		 422 aa  296  5e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 		 419 aa  296  5e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  37.47 
 
 		 424 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  37.14 
 
 		 424 aa  269  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  35.23 
 
 		 380 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  38.3 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  37.77 
 
 		 412 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  37.23 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 414 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 441 aa  205  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  32.74 
 
 		 446 aa  198  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  31.28 
 
 		 432 aa  189  8e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  29.44 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 		 438 aa  170  4e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  30.58 
 
 		 445 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 		 445 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 445 aa  142  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 		 495 aa  120  6e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 631 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  26.51 
 
 		 414 aa  110  7.000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 419 aa  107  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  25.94 
 
 		 434 aa  97.4  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 		 431 aa  97.1  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 448 aa  96.7  7e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  21.88 
 
 		 441 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  24.29 
 
 		 424 aa  95.9  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  26.5 
 
 		 434 aa  93.6  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 434 aa  93.2  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 441 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  24.26 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.75 
 
 		 427 aa  89.4  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 		 435 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 		 424 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 		 441 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 442 aa  88.6  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.63 
 
 		 438 aa  87.8  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 416 aa  87.8  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 414 aa  87.8  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 432 aa  87  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 		 418 aa  87  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 434 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 		 427 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  21.25 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  28.75 
 
 		 424 aa  80.5  0.00000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 466 aa  79.7  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2936  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 		 447 aa  79.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 		 468 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 422 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.16 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 455 aa  77.8  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 		 427 aa  76.3  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  23.84 
 
 		 432 aa  76.3  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  20 
 
 		 442 aa  75.9  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.04 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  25.77 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 420 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  23.17 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  26.58 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 		 435 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  23.42 
 
 		 439 aa  72.8  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.26 
 
 		 436 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 439 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 425 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.14 
 
 		 428 aa  71.6  0.00000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  24.28 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 451 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 		 430 aa  70.1  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  23.06 
 
 		 437 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4889  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.86 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278868  normal  0.377169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>