More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3058 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
529 aa  1086    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  35.86 
 
 
520 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  36.87 
 
 
489 aa  240  4e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  32.82 
 
 
459 aa  226  6e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  30.42 
 
 
461 aa  224  3e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  34.63 
 
 
488 aa  217  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  34.15 
 
 
487 aa  212  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  32 
 
 
459 aa  206  7e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 
470 aa  203  6e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  32.58 
 
 
471 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  31.29 
 
 
441 aa  197  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  31.29 
 
 
441 aa  197  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  33.81 
 
 
451 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  31.88 
 
 
548 aa  189  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  32.13 
 
 
484 aa  189  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  30.56 
 
 
487 aa  187  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.5 
 
 
576 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  29.11 
 
 
583 aa  183  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 
576 aa  182  2e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  33.58 
 
 
476 aa  179  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.1 
 
 
472 aa  179  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.64 
 
 
502 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  31.68 
 
 
564 aa  174  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.16 
 
 
527 aa  170  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 
473 aa  170  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.9 
 
 
524 aa  170  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.57 
 
 
484 aa  170  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.43 
 
 
528 aa  170  7e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.88 
 
 
512 aa  170  7e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  35.44 
 
 
475 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.59 
 
 
472 aa  167  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.29 
 
 
472 aa  167  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  32.04 
 
 
476 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  35.33 
 
 
475 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  32.93 
 
 
473 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  31.51 
 
 
476 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  28.84 
 
 
520 aa  166  8e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  30.26 
 
 
533 aa  165  2.0000000000000002e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.1 
 
 
546 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.41 
 
 
494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  30.73 
 
 
494 aa  163  9e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  30.73 
 
 
494 aa  163  9e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.11 
 
 
563 aa  162  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.69 
 
 
564 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.39 
 
 
485 aa  162  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  32.11 
 
 
553 aa  161  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.67 
 
 
546 aa  160  4e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  28.97 
 
 
494 aa  160  4e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.05 
 
 
546 aa  160  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  28.8 
 
 
556 aa  160  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.29 
 
 
547 aa  160  5e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  31.5 
 
 
490 aa  160  5e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.85 
 
 
462 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  31.92 
 
 
864 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  33.14 
 
 
473 aa  158  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  31.09 
 
 
444 aa  158  3e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31.54 
 
 
677 aa  158  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.82 
 
 
558 aa  157  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30 
 
 
546 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.76 
 
 
546 aa  157  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.77 
 
 
552 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  29.17 
 
 
534 aa  157  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.23 
 
 
518 aa  157  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  28.78 
 
 
501 aa  156  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.85 
 
 
554 aa  156  8e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.25 
 
 
567 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 
503 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 
723 aa  155  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  29.34 
 
 
507 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.93 
 
 
580 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  32.07 
 
 
473 aa  154  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.4 
 
 
681 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.22 
 
 
565 aa  154  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 
506 aa  153  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.57 
 
 
567 aa  152  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  35.44 
 
 
497 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.18 
 
 
548 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 
506 aa  152  2e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  28.54 
 
 
501 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
521 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  28.2 
 
 
506 aa  151  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.19 
 
 
546 aa  150  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.42 
 
 
674 aa  150  7e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.47 
 
 
520 aa  149  9e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.64 
 
 
468 aa  149  9e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  31.38 
 
 
501 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  29.59 
 
 
467 aa  147  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.29 
 
 
647 aa  147  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.56 
 
 
478 aa  146  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  29.44 
 
 
612 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.44 
 
 
612 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  27.11 
 
 
618 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  26.91 
 
 
426 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.48 
 
 
535 aa  144  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.76 
 
 
545 aa  144  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 
488 aa  143  6e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  31.96 
 
 
461 aa  143  7e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  27.8 
 
 
547 aa  143  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.93 
 
 
612 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>