More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0933 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0933  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  617  1e-176  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4911  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000218109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0360  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1826  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 327 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0375  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.104168  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3737  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.295793  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 308 aa  94.4  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.65 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1367  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000461256  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 343 aa  89.7  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  22.36 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.39 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  23.38 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  22.77 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4615  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.40562  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3736  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  24.21 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  30.97 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  21.19 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4060  hypothetical protein  28.26 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0282036  normal  0.215669 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 307 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 311 aa  82.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.05 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.86 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.05 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  26.87 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 297 aa  82  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  24.34 
 
 		 313 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  23.79 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0810  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0408  transcriptional regulator, MarR family  26.37 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.469679  hitchhiker  0.00908682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0901  putative metCcysK operon transcriptional activator  25.89 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.176333  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  24.74 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0147  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0368  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  22.73 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  23.82 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>