More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2984 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2984  pseudouridine synthase  100 
 
 		 201 aa  416  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0522  pseudouridine synthase  72.62 
 
 		 198 aa  260  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476736  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0677  pseudouridine synthase  53.65 
 
 		 194 aa  200  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0674596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1227  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 195 aa  188  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.664388 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1514  pseudouridine synthase, Rsu  53.53 
 
 		 199 aa  184  9e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.843798  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4021  pseudouridine synthase  50 
 
 		 195 aa  183  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1562  pseudouridylate synthase  54.76 
 
 		 264 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.74 
 
 		 210 aa  182  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01560  hypothetical protein  52.33 
 
 		 176 aa  180  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4336  pseudouridine synthase, Rsu  54.12 
 
 		 210 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0252697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0642  pseudouridine synthase  54.12 
 
 		 209 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.498464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0356  pseudouridine synthase, Rsu  50.51 
 
 		 204 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4794  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  54.12 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4654  pseudouridine synthase  53.53 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.250689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4832  pseudouridine synthase  53.53 
 
 		 212 aa  175  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.54 
 
 		 206 aa  175  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1683  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  55.17 
 
 		 213 aa  174  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000674605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003960  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.42 
 
 		 233 aa  173  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2374  pseudouridine synthase  49.42 
 
 		 180 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.177247 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2258  pseudouridine synthase, Rsu  52.94 
 
 		 235 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0710  pseudouridine synthase family 1 protein  48.66 
 
 		 290 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2403  pseudouridine synthase, Rsu  51.96 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0799405  normal  0.443571 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1749  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.94 
 
 		 269 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1484  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.6 
 
 		 177 aa  171  5e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000142179  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1680  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.35 
 
 		 265 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12540  putative pseudouridine synthase  52.94 
 
 		 189 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1760  pseudouridine synthase  50 
 
 		 202 aa  169  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2378  pseudouridine synthase, Rsu  53.29 
 
 		 192 aa  169  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0624832  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1578  pseudouridine synthase  54.71 
 
 		 188 aa  169  3e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.587542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.61 
 
 		 208 aa  168  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.403146 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1605  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.76 
 
 		 261 aa  168  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1875  pseudouridine synthase  50.6 
 
 		 282 aa  168  5e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.414876  hitchhiker  0.0000094043 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0982  pseudouridine synthase  50.58 
 
 		 220 aa  168  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0784164 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1722  pseudouridine synthase  51.61 
 
 		 208 aa  168  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1100  pseudouridine synthase, Rsu  53.07 
 
 		 185 aa  168  6e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.61 
 
 		 208 aa  167  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2589  pseudouridine synthase  50.6 
 
 		 282 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00041275  normal  0.0546564 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2469  pseudouridine synthase  50.6 
 
 		 282 aa  167  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000626747  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1141  putative pseudouridine synthase  51.76 
 
 		 189 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02367  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.82 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.020517  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2024  pseudouridine synthase  53.53 
 
 		 178 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.203585  normal  0.0886528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.07 
 
 		 217 aa  166  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.269705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2476  pseudouridine synthase  50 
 
 		 270 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000480491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2231  pseudouridylate synthase  50.6 
 
 		 270 aa  166  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00399974  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09940  Pseudouridine synthase, RluE  50 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.304404  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4941  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.76 
 
 		 211 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1882  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 		 236 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733285  decreased coverage  0.0000000160719 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1830  pseudouridine synthase, Rsu  51.48 
 
 		 242 aa  164  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.98 
 
 		 257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1316  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  53.25 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144995 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2703  pseudouridine synthase  51.48 
 
 		 235 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2060  pseudouridylate synthase  50.29 
 
 		 212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00435727  normal  0.885257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3254  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  49.13 
 
 		 191 aa  162  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.712431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2896  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  51.5 
 
 		 214 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.438236 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2056  pseudouridine synthase  53.57 
 
 		 180 aa  161  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.939172  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1354  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.98 
 
 		 245 aa  161  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.971791  normal  0.425008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2536  pseudouridine synthase  49.12 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1947  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.98 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1154  RNA pseudouridine synthase family protein  49.47 
 
 		 209 aa  160  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2129  RNA pseudouridine synthase family protein  52.98 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417959 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3113  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.57 
 
 		 182 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1338  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  52.98 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.988595  normal  0.0256703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1990  23S rRNA pseudouridine synthase E  51.48 
 
 		 207 aa  159  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.82324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1351  pseudouridine synthase  48.78 
 
 		 204 aa  159  3e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0548  RNA pseudouridine synthase family protein  46.43 
 
 		 198 aa  158  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0167087  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3808  pseudouridine synthase  52.35 
 
 		 188 aa  158  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56065 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1944  pseudouridine synthase  47.28 
 
 		 218 aa  158  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.469445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3002  pseudouridine synthase  47.67 
 
 		 229 aa  158  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2138  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.52 
 
 		 176 aa  158  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0137061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1381  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 204 aa  158  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.398718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2302  pseudouridine synthase, Rsu  44.86 
 
 		 185 aa  158  6e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.690278 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3888  pseudouridine synthase  51.48 
 
 		 189 aa  157  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.655167 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2898  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.24 
 
 		 201 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3170  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 189 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0157507  hitchhiker  0.00975609 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0678  pseudouridine synthase, Rsu  48.8 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.854611  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2512  pseudouridine synthase  50.89 
 
 		 217 aa  155  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00465534  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2468  23S rRNA pseudouridine synthase E  50.89 
 
 		 217 aa  155  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1596  23S rRNA pseudouridine synthase E  50.89 
 
 		 207 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922076 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  44.67 
 
 		 215 aa  155  3e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1298  23S rRNA pseudouridine synthase E  50.89 
 
 		 217 aa  155  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01133  23S rRNA pseudouridine synthase  50.3 
 
 		 217 aa  154  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1313  23S rRNA pseudouridine synthase E  50.3 
 
 		 217 aa  154  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1363  pseudouridine synthase  50.3 
 
 		 216 aa  154  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00149286  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01141  hypothetical protein  50.3 
 
 		 215 aa  154  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  50.3 
 
 		 216 aa  154  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.102184  normal  0.0693949 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0853  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  48.55 
 
 		 180 aa  154  9e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.711154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1255  23S rRNA pseudouridine synthase E  50.3 
 
 		 217 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2977  pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 180 aa  151  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0796  pseudouridine synthase, Rsu  46.82 
 
 		 189 aa  151  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00539855  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0876  hypothetical protein  48.26 
 
 		 200 aa  151  8e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0759  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 197 aa  150  8e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0847  hypothetical protein  48.26 
 
 		 200 aa  150  8.999999999999999e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1983  pseudouridine synthase, Rsu  50.6 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0680971 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2685  pseudouridine synthase  51.28 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0942  pseudouridine synthase  45.26 
 
 		 202 aa  150  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0290973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0769  pseudouridine synthase  49.4 
 
 		 228 aa  149  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000104471 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2200  pseudouridine synthase  53.49 
 
 		 203 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000041754 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1161  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  45.76 
 
 		 221 aa  148  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00928122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase E  47.27 
 
 		 178 aa  149  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.208535  normal  0.739458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1335  pseudouridine synthase  48.52 
 
 		 221 aa  148  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994233  normal  0.557471 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>