More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2956 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
650 aa  1316    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.79 
 
 
651 aa  529  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.94 
 
 
660 aa  524  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.74 
 
 
653 aa  516  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7140  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.37 
 
 
642 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750197  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  51.37 
 
 
678 aa  501  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.36 
 
 
766 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  51.29 
 
 
642 aa  490  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.32 
 
 
650 aa  485  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3125  putative sensor/response regulator hybrid  49.81 
 
 
650 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.70953  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36420  putative sensor/response regulator hybrid  49.9 
 
 
699 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426849  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.6 
 
 
639 aa  457  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.97 
 
 
774 aa  458  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.69 
 
 
807 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.03 
 
 
781 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 
789 aa  388  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 
789 aa  388  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.01 
 
 
789 aa  389  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.94 
 
 
662 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.3 
 
 
810 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.58 
 
 
782 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.49 
 
 
766 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.79 
 
 
508 aa  368  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5407  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.66 
 
 
815 aa  363  7.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 
630 aa  362  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.66 
 
 
699 aa  350  4e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.87 
 
 
688 aa  340  4e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0500187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.17 
 
 
721 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.92 
 
 
691 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  47.29 
 
 
558 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2474  histidine kinase  50.53 
 
 
559 aa  320  6e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.369133 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2015  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.2 
 
 
538 aa  318  1e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  47.77 
 
 
558 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
951 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1935  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.26 
 
 
386 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.33 
 
 
386 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.861815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.07 
 
 
1164 aa  313  7.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  42.18 
 
 
1164 aa  311  2e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3835  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.26 
 
 
386 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.69 
 
 
927 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.21 
 
 
386 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.732563  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.26 
 
 
783 aa  307  3e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  38.84 
 
 
858 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.24 
 
 
743 aa  300  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5576  histidine kinase  44.47 
 
 
529 aa  299  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.44664  normal  0.0252292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  37.86 
 
 
622 aa  297  4e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 
622 aa  297  4e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.31 
 
 
1076 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.01 
 
 
628 aa  294  4e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
655 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.75 
 
 
807 aa  292  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
622 aa  289  1e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 
1105 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.68 
 
 
1053 aa  280  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  33.12 
 
 
812 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
943 aa  278  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.13 
 
 
387 aa  276  6e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.513446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.36 
 
 
721 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  35.37 
 
 
676 aa  276  9e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  41.11 
 
 
673 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  34.41 
 
 
676 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  34.19 
 
 
539 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
922 aa  274  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  37.75 
 
 
544 aa  272  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1649  histidine kinase  35.67 
 
 
541 aa  272  1e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1931  histidine kinase  35.67 
 
 
541 aa  272  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300086  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
740 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4430  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.8 
 
 
571 aa  270  7e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
943 aa  269  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.63 
 
 
1415 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  41.07 
 
 
726 aa  268  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
1215 aa  268  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
1067 aa  268  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.76 
 
 
741 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.4 
 
 
732 aa  267  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 
734 aa  267  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
1225 aa  267  5e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  40 
 
 
571 aa  267  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01426  histidine kinase  36.27 
 
 
507 aa  267  5e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.643455  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  35.21 
 
 
1065 aa  266  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5456  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 
641 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0579502  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6213  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 
559 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0247  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 
640 aa  266  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0678153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.82 
 
 
837 aa  265  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.64 
 
 
557 aa  265  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  34.05 
 
 
534 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  40.53 
 
 
1299 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
696 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0437  PAS sensor protein  36.63 
 
 
1225 aa  264  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.719852  normal  0.440419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 
1050 aa  264  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1581  histidine kinase  35.45 
 
 
541 aa  264  4e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 
673 aa  263  8.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
1065 aa  263  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  38.42 
 
 
1427 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.23 
 
 
812 aa  261  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
818 aa  262  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 
1132 aa  261  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  39.34 
 
 
701 aa  262  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 
742 aa  261  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
936 aa  262  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>